Không có những trung tâm đăng kiểm cố định như đường bộ, công tác kiểm định phương tiện đường thủy thường phải thực hiện ngay tại các xưởng sửa chữa đóng mới tàu. Vì vậy, việc quản lý theo dõi các phương tiện thủy đến kỳ kiểm định gặp nhiều khó khăn.
Tình trạng chủ phương tiện trốn đăng kiểm định kỳ theo quy định diễn ra phổ biến ở nhiều địa phương, nhất là đối với những phương tiện có công suất nhỏ hoạt động ở quy mô gia đình.
Theo số liệu của Cục Đăng kiểm Việt Nam, hiện chỉ có 37% tổng số phương tiện đường thủy đã được đăng kiểm quay trở lại kiểm tra định kỳ. Nguyên nhân của tình trạng này một phần là do ý thức của chủ phương tiện nhưng một lý do khác là công tác xử lý vi phạm trên tuyến đường thủy cũng có những hạn chế.
Ở hầu hết các địa phương không thể áp dụng chế tài tạm giữ phương tiện vi phạm do thiếu bến bãi nên vẫn dừng ở phạt cho tồn tại. Thêm vào đó, tại các bến bãi tự phát, khi xếp dỡ hàng hóa không cần xuất trình bất kỳ loại giấy tờ gì nên nhiều chủ phương tiện không thật sự quan tâm đến việc kiểm định an toàn cho phương tiện của mình.