Tuy nhiên, mới đây nhất, Công ty TNHH một thành viên Cảng Sài Gòn (Cảng Sài Gòn) đã chính thức lên tiếng về nghi ngờ lớn này.
Trong công văn gửi báo chí, người phát ngôn của doanh nghiệp này khẳng định: “Đối với lời khai của ông Dương Chí Dũng - nguyên Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam, là nhân chứng trong vụ án Dương Tự Trọng và đồng phạm “tổ chức người khác trốn đi nước ngoài”, được các phương tiện truyền thông đưa tin trong thời gian qua về mối quan hệ với bà Trương Mỹ Lan - Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát trong dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, Cảng Sài Gòn khẳng định đây là mối quan hệ cá nhân giữa ông Dương Chí Dũng và bà Trương Mỹ Lan, hoàn toàn không liên quan và không ảnh hưởng đến việc lựa chọn đối tác tham gia dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội của Cảng Sài Gòn”.
Cảng Sài Gòn là doanh nghiệp 100% vốn nhà nước do Tổng công ty Hàng hải Việt Nam làm Chủ sở hữu theo Quyết định số 2684/QĐ-BGTVT ngày 30/8/2007 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải. Theo chủ trương của Bộ Chính trị tại Nghị quyết số 20-NQ/TW ngày 18/11/2002 và chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Quyết định số 791/QĐ-TTg ngày 12/8/2005, Cảng Sài Gòn phải thực hiện di dời, chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội (Quận 4, TPHCM).
Ngày 24/6/2010, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 46/2010/QĐ-TTg ban hành Quy chế tài chính phục vụ di dời các cảng trên sông Sài Gòn và Nhà máy đóng tàu Ba Son, theo đó cho phép doanh nghiệp di dời được liên doanh với nhà đầu tư khác thành lập pháp nhân mới làm chủ đầu tư để thực hiện chuyển đổi mục đích sử dụng đất tại vị trí cảng cũ. Khi có cơ chế di dời, rất nhiều nhà đầu tư bất động sản trong và ngoài nước đã đến tìm hiểu, đặt vấn đề với Cảng Sài Gòn về việc hợp tác thực hiện dự án đầu tư chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, trong đó có Tập đoàn Vạn Thịnh Phát - là một trong những nhà đầu tư bất động sản lớn tại TP HCM.
Do chưa có hướng dẫn về cơ sở và thẩm quyền lựa chọn đối tác tham gia dự án đầu tư chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, Cảng Sài Gòn đã báo cáo Chủ sở hữu là Tổng công ty Hàng hải Việt Nam xem xét chỉ đạo. Cảng Sài Gòn cũng đã báo cáo Tổng công ty Hàng hải Việt Nam về mong muốn tham gia dự án đầu tư chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội của Tập đoàn Vạn Thịnh Phát. Tổng công ty Hàng hải Việt Nam đã báo cáo xin ý kiến Thủ tướng Chính phủ về việc Cảng Sài Gòn thực hiện dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội.
Ngày 29/12/2011, Thủ tướng Chính phủ đồng ý cho phép Cảng Sài Gòn thành lập pháp nhân mới để thực hiện dự án đầu tư khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội.
Ngày 30/3/2012, Tổng công ty Hàng hải Việt Nam cho phép Cảng Sài Gòn thành lập công ty cổ phần thực hiện đầu tư dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội và giao Hội đồng thành viên Cảng Sài Gòn làm đầu mối tìm kiếm đối tác, lập dự án đầu tư. Thời điểm này ông Dương Chí Dũng - nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam đã thôi chức Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam và chuyển công tác sang Cục Hàng hải Việt Nam từ ngày 6/2/2012.
Theo chỉ đạo của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam, Cảng Sài Gòn đã đàm phán với các đối tác có nguyện vọng tham gia dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, trong đó có Tập đoàn Vạn Thịnh Phát. Trong quá trình đàm phán, Tập đoàn Vạn Thịnh Phát đã xin rút và không tham gia dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội. Tháng 6/2013, Cảng Sài Gòn đã trình Bộ Giao thông vận tải và Tổng công ty Hàng hải Việt Nam phê duyệt phương án thành lập pháp nhân thực hiện đầu tư dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội và đã được các cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật hiện hành.
Hiện nay công tác thành lập pháp nhân thực hiện đầu tư dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội đã hoàn tất và không có sự tham gia của Tập đoàn Vạn Thịnh Phát trong dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội của Cảng Sài Gòn.