Hoạt động của Hội đã động viên nghiên cứu khoa học, nhất là tuyên truyền giáo dục tinh thần yêu nước phục vụ sự nghiệp đấu tranh giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước.
Người sáng lập Hội là GSVS. Trần Huy Liệu, cố Viện trưởng Viện Sử học Việt Nam. Dưới sự lãnh đạo của Ban Chấp hành Trung ương do GSVS. Trần Huy Liệu làm Chủ tịch, giới sử học Miền Bắc đã tập hợp lại trong một tổ chức xã hội nghề nghiệp và phát huy vai trò tích cực của Hội trong cuộc đấu tranh giành lại độc lập, tự do và thống nhất Tổ quốc.
Sau khi cố Chủ tịch Trần Huy Liệu từ trần năm 1969, GSVS. Nguyễn Khánh Toàn và GSVS. Phạm Huy Thông đã cố gắng duy trì tổ chức của Hội, đại diện cho giới sử học Việt Nam trong các họat động đối nội và đối ngoại.
Năm 1975 sau khi Miền Nam được giải phóng, đất nước thống nhất, một nhu cầu và nhiệm vụ mới đặt ra là cần tổ chức lại Hội KHLSVN trên qui mô cả nước. GSVS. Phạm Huy Thông với cương vị Phó chủ tịch kiêm Tổng thư ký đã ra sức chuẩn bị cho Đại hội lần thứ II. Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ II tổ chức tại Hà Nội vào tháng 9 năm 1988 là mốc mở đầu cho việc mở rộng tổ chức và hoạt động của Hội KHLSVN trên phạm vi cả nước.
Từ đó đến nay, qua các Đại hội đại biểu toàn quốc, Hội KHLSVN càng ngày càng phát triển theo hướng tập hợp rộng rãi những nhà khoa học công tác trên lĩnh vực của khoa học lịch sử và những ngành khoa học liên quan, nhằm đoàn kết giới sử học cả nước, thúc đẩy sự phát triển của khoa học lịch sử Việt Nam, phổ biến tri thức lịch sử góp phần giáo dục truyền thống dân tộc, bảo vệ di sản văn hóa, làm chức năng tư vấn, phản biện và giám định xã hội đối với những công trình và dự án liên quan đến sử học, thiết lập và mở rộng quan hệ giao lưu với giới sử học quốc tế. Hoạt động của Hội nhằm mục tiêu thúc đẩy sự phát triển của nền sử học Việt Nam, phổ biến kiến thức lịch sử, góp phần giáo dục truyền thống dân tộc, bảo vệ và phát huy giá trị di sản văn hóa, thực hiện chức năng tư vấn, phản biện và giám định khoa học đối với các công trình, dự án liên quan đến sử học và văn hóa dân tộc, mở rộng quan hệ hợp tác và giao lưu với giới sử học quốc tế. Hội luôn luôn liên kết chặt chẽ với các cơ quan nghiên cứu, đào tạo sử học, thông qua các hội thảo khoa học, diễn đàn sử học, tổ chức đề tài nghiên cứu khoa học để định hướng và đẩy mạnh sự phát triển của nền sử học Việt Nam.
Trong sự phát triển chung của nền sử học Việt Nam, vai trò của Hội KHLSVN là ngoài chức năng tập hợp và phối hợp hoạt động, còn qua các hội thảo khoa học, diễn đàn sử học, với cương vị đại diện cho giới sử học, đưa ra các nhận định, đánh giá và đề xuất các giải pháp, kiến nghị về định hướng phát triển nền sử học Việt Nam.
Thành công lớn nhất của Hội về phương diện này là trên cơ sở trí tuệ tập thể, đã thúc đẩy sự đổi mới tư duy sử học mà thực chất là vận dụng sáng tạo chủ nghĩa Mác-Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh kết hợp với những thành tựu của khoa học lịch sử hiện đại, nâng cao tính khoa học, khách quan và trung thực trong nhận thức lịch sử.
Một loạt các giai đoạn lịch sử, sự kiện lịch sử và nhân vật lịch sử đã được nhận thức lại một cách khách quan, toàn diện và trung thực hơn. Ví như về triều Hồ, triều Mạc, về các chúa Nguyễn ở Đàng Trong, triều Nguyễn nửa đầu thế kỷ XIX, về phong trào yêu nước đầu thế kỷ XX, về xu hướng cải cách của Phan Châu Trinh, về khởi nghĩa Yên Bái... và về các nhân vật lịch sử khá đa diện như Trần Thủ Độ, Hồ Quý Ly, Nguyễn Bỉnh Khiêm, Đào Duy Từ, Lê Văn Duyệt, Phan Thanh Giản, Nguyễn Văn Tường, Trương Vĩnh Ký, Phan Văn Trường, Nguyễn Văn Vĩnh, Nguyễn An Ninh...
Đặc biệt qua các hội thảo khoa học, giới sử học đã đạt đến sự nhất trí cao trong quan niệm và nhận thức về tính toàn bộ và toàn diện của lịch sử Việt Nam.
Về truyền bá kiến thức và giáo dục truyền thống, Hội đã tổ chức hoặc phối hợp với các cơ quan nhà nước tổ chức nhiều hội thảo kỷ niệm những sự kiện, nhân vật lịch sử.
Các Hội thành viên, nhất là các Hội cấp tỉnh, thành phố đều có nhiều hoạt động truyền bá kiến thức lịch sử, giáo dục truyền thống và trở thành chỗ dựa có hiệu quả cho Đảng và chính quyền địa phương về các hoạt động sử học và truyền thống. Hội cũng đã tư vấn, hỗ trợ Đài truyền hình mở những chuơng trình phổ cập tri thức lịch sử trong nhân dân, nhất là trong thế hệ trẻ, nhằm nâng cao hiểu biết về lịch sử dân tộc.
Từ một ý tưởng "mỗi người một giọt đồng đúc tượng danh nhân" nhằm xã hội hóa một phương thức tôn vinh các anh hùng dân tộc, các danh nhân văn hóa, các nhà cách mạng và khoa học hiện đại bắt đầu năm 1997, đến nay đã thành một chương trình được xã hội đón nhận và hoan nghênh.
Hội đã đúc được hơn một trăm pho tượng trao tặng cho các gia đình, dòng họ, cơ quan, bảo tàng, trường học. Đặc biệt, Hội đã đức tượng Chủ tịch Hồ Chí Minh gồm 1 pho toàn thân và 8 pho bán thân, trao tặng 2 pho đặt tại cơ quan ngoại giao VN ở Hoa Kỳ, 5 pho cho các sứ quán VN ở một số nước châu Âu...
Tạp chí "Xưa và Nay" đã thực sự trở thành cơ quan ngôn luận của Hội KHLSVN, diễn đàn trao đổi những vấn đề khoa học mà giới sử học quan tâm, cập nhật những vấn đề mang tính thời sự của sử học và góp phần truyền bá kiến thức lịch sử trong xã hội.
Bên cạnh còn có tạp chí "Cổ vật tinh hoa" là ấn phẩm của Hội nghiên cứu và sưu tầm gốm và cổ vật Thăng Long cùng với các tạp chí của các Hội cấp tỉnh và thành phố với tên gọi chung là Xưa & Nay như "Huế Xưa & Nay", "Quảng Ninh Xưa & Nay", "Đồng Tháp Xưa & Nay", "Bà Rịa-Vũng Tàu Xưa & Nay", "Bạc Liêu Xưa & Nay", "Thành Hạc Xưa & Nay" (Thanh Hóa)...hoặc ra định kỳ hoặc không định kỳ.
Hệ thống tạp chí "Xưa & Nay" của TƯ Hội và các Hội thành viên đã tạo nên nét đặc sắc trong hoạt động của Hội KHLSVN và cùng với tạp chí chuyên ngành của các cơ quan nghiên cứu như "Nghiên cứu lịch sử", "Lịch sử Đảng", "Lịch sử quân sự", "Khảo cổ học"...làm phong phú cho hệ thống truyền thông của nền sử học VN và tạo thành một mạng lưới thông tin bổ ích cho giới sử học cũng như cho xã hội.
Về hoạt động xuất bản, ngoài các ấn phẩm của cơ quan khoa học của Nhà nước và các tác giả, riêng khối lượng sách do Hội xuất bản đã lên đến hàng trăm cuốn, trong đó có nhiều công trình nghiên cứu và dịch thuật có giá trị, là một cống hiến quan trọng cho sự phát triển của sử học VN.
Trong nhiều năm, Hội đã có nhiều công trình nghiên cứu về lịch sử, văn hóa cung cấp cơ sở khoa học để thực hiện tính toàn bộ và toàn diện của lịch sử dân tộc. Lịch sử Việt Nam được nhận thức là lịch sử của tất cả các cộng đồng cư dân, các tộc người (dân tộc) đã từng tồn tại trên không gian lãnh thổ Việt Nam hiện nay, đã từng góp phần xây dựng, bảo vệ đất nước và sáng tạo ra văn hóa Việt Nam. Người Kinh (Việt) chiếm khoảng 86% dân số, dĩ nhiên giữ vai trò trung tâm đoàn kết, lực lượng chủ đạo trong tiến trình lịch sử, nhưng các dân tộc thiểu số đều có những cống hiến cần được trân trọng và phản ánh đầy đủ trong lịch sử dân tộc.
Cũng trên cơ sở những thành tựu nghiên cứu mới về lịch sử Việt Nam ở trong nước và trên thế giới cùng với yêu cầu bức xúc của xã hội, Hội đã kiến nghị tập hợp lực lượng sử học cả nước để biên soạn một bộ “Lịch sử Việt Nam” mang tính quốc gia. Kiến nghị đã được Ban Bí thư, Chính phủ chấp thuận và đề án khoa học xã hội cấp quốc gia “Nghiên cứu biên soạn bộ Lịch sử Việt Nam” do Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì, tổ chức thực hiện, GS Phan Huy Lê làm chủ nhiệm đề án, trong đó Hội giữ vai trò đề xuất và động viên giới sử học cả nước tham gia, đang được triển khai.
Một hướng nghiên cứu trong những năm gần đây được Hội quan tâm là nghiên cứu bảo vệ chủ quyền và lãnh thổ toàn vẹn của đất nước. Đó là nghiên cứu lịch sử biên giới Việt Nam - Trung Quốc, Việt Nam - Lào, Việt Nam - Cam-pu-chia; nghiên cứu Biển Đông và chủ quyền Việt Nam đối với hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa. Một số công trình nghiên cứu đã được xuất bản và nhiều luận văn khoa học đã được công bố trên các tạp chí khoa học, trong các kỷ yếu hội thảo. Cuốn Lược sử vùng đất Nam Bộ (GS Vũ Minh Giang chủ biên) do Hội chủ trì và cuốn Biên giới đất liền Việt Nam - Trung Quốc (GS Dương Ninh chủ biên) do Hội tham gia chỉ đạo nội dung đã được phổ biến rộng rãi. Công trình Quá trình hình thành và phát triển vùng đất Nam Bộ (GS Phan Huy Lê chủ biên), sản phẩm của một đề án khoa học cấp nhà nước do Hội chủ trì, gồm 12 tập sách đang được Nhà xuất bản Chính trị quốc gia - Sự thật xuất bản.
Đáng chú ý Hội KHLSVN coi trọng thực hiện nhiệm vụ tư vấn, phản biện và giám định khoa học trong công việc bảo tồn di sản văn hóa dân tộc và các dự án liên quan đến lịch sử và văn hóa Việt Nam. Trong công tác này, Hội có đủ chuyên gia các ngành của khoa học lịch sử, trong đó có những chuyên gia đầu ngành và chuyên gia độc lập không thuộc cơ quan nhà nước. Công việc phản biện được nghiên cứu nghiêm túc, được dư luận xã hội ủng hộ, cơ quan chức năng chấp nhận, tuy có trường hợp đấu tranh không đơn giản. Thành công trong nhiệm vụ phản biện đã góp phần nâng cao uy tín và ảnh hưởng của Hội trong xã hội.