Nhưng đến năm thứ 12 vương triều Akhenaten, tên nàng đột nhiên bị xóa khỏi các đền đài Ai Cập, và biến mất khỏi sách sử.
Dưới thời pharaoh Akhenaten, người Ai Cập chỉ tôn vinh thần mặt trời Aten thay cho thần Amun trước đó.
Vua Akhenaten và Nefertiti được miêu tả là cặp đôi quyền lực lừng danh Ai Cập. Nàng Nefertiti còn nổi tiếng với nhan sắc của mình.
Theo lời kể, nàng có chiếc cổ dài cao quý và đã sáng chế ra cách trang điểm cho riêng mình bằng khoáng chất Galena (chì sulfua).
Cái tên Nefertiti trong tiếng Ai Cập cổ nghĩa là "giai nhân đã tới". Tên của nàng cũng là tên loại trang sức bằng vàng được gọi là "nefer", mà theo tương truyền thì nàng thường đeo món đồ trang sức này.
Bị lãng quên một thời gian dài trong lịch sử, mãi đến năm 1912, khi tượng bán thân của nàng Nefertiti được phát hiện trong di chỉ khảo cổ Amarna, Ai Cập, tên tuổi nàng mới nổi tiếng trở lại. Bức tượng bán thân hiện được trưng bày ở bảo tàng Altes, Berlin (Đức).
Tượng bán thân của nàng Nefertiti hiện được trưng bày ở bảo tàng Altes, Berlin
Qua những bức tranh chạm khắc, có thể thấy hình ảnh Nefertiti được khắc họa rất lớn, ám chỉ tầm quan trọng của nàng. Nhiều bức tranh chỉ đơn giản là hai vợ chồng nàng cùng các con hạnh phúc bên nhau.
Tương truyền nàng còn là mẹ vợ, đồng thời là mẹ kế của pharaoh đời sau Tutankhamun.
Không rõ cha mẹ nàng Nefertiti là ai, nhưng nhiều người tin rằng nàng là con gái của Tể tướng Ay - pharaoh thứ 14 của Ai Cập cổ đại sau pharaoh Tutankhamun - và có một người em gái tên là Moutnemendjet.
Một giả thuyết khác cho rằng Nefertiti là công chúa xứ Mitanni ở Lưỡng Hà, con gái vua Tusratta, tên chào đời của nàng là Tadukhipa. Nhiều nàng công chúa xứ này được gả cho các quý tộc Ai Cập.
Theo giải thuyết này, nàng Tadukhipa đến Ai Cập, lấy tên là Nefertiti và trở thành một trong số các thê thiếp của vị pharaoh già Amenhotep III.
Sau khi nhà vua băng hà, nàng lấy con trai ông, tức là vua Amenhotep IV (hay còn gọi là pharaoh Akhenaten) rồi được phong làm vương hậu.
Những bức tranh cho thấy Nefertiti và nhà vua ngồi cùng một xe ngựa chiến, hôn nhau giữa đám đông, Nefertiti ngồi trong lòng nhà vua,... khiến các học giả kết luận rằng mối quan hệ giữa hai vợ chồng rất tốt đẹp.
Tranh vẽ pharaoh Akhenaten, Nefertiti và ba con gái dưới ánh sáng của thần mặt trời
Tình yêu đi vào truyền thuyết của vua Akhenaten có thể thấy trong những phần ghi chép chữ tượng hình cổ ở Amanar. Thậm chí vị pharaoh này đã viết thơ tình cho nàng Nefertiti.
Hai vợ chồng có 6 người con gái, hai người trong số đó đã trở thành nữ hoàng Ai Cập: Meritaten (có giả thuyết cho rằng Akhenaten đã lấy chính con gái của mình làm vợ), Meketaten, Ankhesenpaaten/ Ankhesenamen (vợ vua Tutankhamun), Neferneferuaten Tasherit, Neferneferure, và Setepenre.
Năm thứ 4 dưới thời trị vì của vua Amenhotep IV, thần mặt trời Aten trở thành vị thần tối cao của người Ai Cập cổ. Cải cách tôn giáo của nhà vua dẫn tới sự đóng cửa những đền thờ cũ, chuyển sang lấy thần mặt trời Aten làm trung tâm.
Ở tín ngưỡng cũ, Nefertiti đã đóng vai trò quan trọng và sau cải cách nàng vẫn tiếp tục như vậy. Nàng cùng chồng thờ phụng thần mặt trời và giữ chức tư tế của thần Aten.
Dưới tôn giáo mới chỉ tôn thờ một vị thần, nhà vua và hoàng hậu được coi là "cặp đôi sơ khai" và nhận được chúc phúc của thần Aten.
Hai vợ chồng cùng thần Aten hợp thành bộ ba hoàng gia, trong đó ánh sáng của thần Aten sẽ phân phát cho toàn bộ người dân Ai Cập.
Dưới thời trị vì của vua Akhenaten (và có thể là sau đó), Nefertiti có quyền lực chưa từng thấy, có bằng chứng cho thấy nàng đã được đưa lên vị trí "đồng nhiếp chính", ngang hàng với pharaoh.
Hình khắc của nàng trên các bức tường còn có cùng kích cỡ với Akhenaten, cho thấy tầm quan trọng của nàng.
Hình khắc mô tả Nữ hoàng Nefertiti lớn bằng chồng cho thấy tầm quan trọng của bà, hiện được trưng bày tại Bảo tàng Brooklyn, Mỹ
Ấn tượng nhất là những hình khắc Nefertiti đang hạ gục kẻ thù bằng cây trượng trước thần Aten. Trước đó theo truyền thống, những hình ảnh như vậy chỉ được dùng cho các pharaoh, nhưng Nefertiti lại nhận được đặc quyền ngang hàng.
Akhenaten đã cho người khắc hình Nefertiti vào bốn góc quan tài bằng đá của mình, nàng cũng được cho là người bảo vệ xác ướp của chồng - theo truyền thống vai trò này sẽ được đảm nhiệm bởi 4 nữ thần Ai Cập là Isis, Nephthys, Selket và Neith.
Năm thứ 12 dưới thời trị vì của vua Akhenaten, cái tên của Nefertiti không còn được tìm thấy. Một số người cho rằng có lẽ bà đã chết trong dịch bệnh hoặc bị thất sủng, tuy nhiên những thuyết gần đây đã phủ nhận điều này.
Không lâu sau sự biến mất của Nefertiti trong các tài liệu lịch sử, Akhenaten đã chọn một đồng nhiếp chính mới cùng ông chia sẻ ngại vàng.
Điều này dẫn đến những giả thuyết liệu người đó là ai.
Chân dung Pharaoh Akhenaten
Một giả thuyết cho rằng, chính Nefertiti đã cải trang làm nữ vương mới. Một giả thuyết khác là đã có hai đồng nhiếp chính, một là con trai Smenkhkare, hai là Nefertiti dưới cái tên Nefer-Neferu-Aten (nghĩa là "cái hoàn hảo trong sự hoàn hảo của Aten")
Một số học giả lại cho rằng Nefertiti đã đảm nhận cương vị đồng nhiếp chính trong hoặc sau cái chết của Akhenaten.
Giáo sư Khảo cổ học Jacobus Van Dijk, người chuyên nghiên cứu về thời đại Amarna trong lịch sử Ai Cập cổ đại thì tin rằng, thực ra Nefertiti đã trở thành đồng nhiếp chính với chồng, vị trí hoàng hậu được trao cho con gái lớn là Meryetaten (Meritaten) - Akhenaten đã cưới chính con gái mình và có vài người con.
Con gái lớn của Nefertiti và Akhenaten là công chúa Meryetaten, sau này trở thành vợ vua Akhenaten
Ngoài ra, 4 hình ảnh của Nefertiti được trang trí trên quan tài vua Akhenaten thay cho hình ảnh 4 nữ thần đã cho thấy nàng vẫn có vai trò quan trọng đối với vị pharaoh này cho đến khi ông chết, và loại bỏ quan điểm rằng nàng đã bị thất sủng.
Tuy nhiên, Cyril Aldred, tác giả cuốn sách "Akhenaten: Vua Ai Cập" cho biết những bức tượng được tìm, thấy trong lăng mộ pharaoh Akhenaten cho thấy Nefertiti chỉ là hoàng hậu chứ không phải đồng nhiếp chính và nàng đã qua đời vào năm trị vì thứ 14 của vua Akhenaten, còn con gái nàng qua đời một năm trước đó.
Cũng có những giả thuyết rằng Nefertiti vẫn còn sống và gây ảnh hưởng lên những thành viên trẻ tuổi hơn trong hoàng gia. Nefertiti đã chuẩn bị cho cái chết của mình và cho sự kế nhiệm của con gái Ankhesenpaaten (sau này gọi là Ankhsenamun) và người con chồng đồng thời là con rể Tutankhamun.
Theo giả thuyết này, Nefer-Neferu-Aten đã mất sau 2 năm lên ngôi vua, và được kế nhiệm bởi Tutankhamun - người được cho là con trai của Akhenaten.
Ước tính theo tuổi, cặp vợ chồng hoàn gia mới được cho là còn non trẻ, thiếu kinh nghiệm. Theo giả thuyết này, Nefertiti đã mất vào năm thứ 3 vua Tutankhaten trị vì. Chính trong năm đó, Tutankhaten mới đổi tên thành Tutankhamun, dời đế đô từ Amarna đến Thebes như một bằng chứng cho sự tôn thờ thần Amun trở lại.
Một chiếc đĩa vàng được tìm thấy trong ngôi mộ vua Tutankhamun minh họa Tutankhamun và Ankhesenamen ở bên nhau
Tuy nhiên những bản ghi chép đều chưa hoàn thiện, có lẽ trong tương lai các nhà khảo cổ học và các nhà sử học sẽ phát triển thêm những giả thuyết mới về nàng Nefertiti và vụ mất tích bí ẩn của nàng. Cho đến nay, xác ướp của Nefertiti - nữ hoàng nổi tiếng và là biểu tượng của Ai Cập vẫn chưa được tìm ra.