Hoa Cúc Vàng Trong Bão là phim truyền hình xoay quanh Cúc – cô sinh viên hiền hành, học giỏi, là niềm tự hào của gia đình ông bà Sáu. Gia đình cô xuất thân là công nhân nghèo hái trà thuộc công ty Bằng Hữu.
Cúc ngoan ngoãn, hiền lành, giỏi giang, học rất giỏi, đậu ngay đại học năm đầu và luôn là sinh viên xuất sắc, nhận học bổng đều đặn. Với tính tình hoà đồng, Cúc được thầy yêu bạn mến, về nhà thì phụ giúp việc nhà, vui vẻ và hay giúp đỡ hàng xóm láng giềng nên được rất nhiều người yêu quý.
Cuộc sống bình yên của cô những tưởng sẽ cứ êm đềm trôi cho đến khi biến cố ập đến. Biến cố ấy đến từ người bạn học chung từ thời phổ thông tên Thảo. Đối lập với Cúc, Thảo là con nhà giàu, chỉ ham mê đua đòi, ăn chơi hư hỏng và không chịu học hành. Với Thảo, Cúc luôn là cái gai trong mắt mình nhưng cô không có cớ gì thỏa đáng để hãm hại.
Bước ngoặt xảy đến khi bạn trai của Thảo là Hoàng Thiên vì thích sự trong sáng của Cúc và vì chúng bạn thách đố, quyết định chia tay Thảo và đeo đuổi Cúc. Nhưng Cúc hoàn toàn không có chút thiện cảm nào dành cho Thiên. Thảo biết được điều đó và đây chính là dịp để cô trút cơn thịnh nộ lên Cúc.
Trong lúc u mê do chơi ma túy đá, cô bỏ tiền thuê người, dùng axit tàn phá gương mặt của Cúc khiến cô sinh viên năm tư đại học gần như bị hủy hoại hoàn toàn dung nhan, bị chấn động về mặt tâm lý.
Quyết tâm để trở lại cuộc sống thường nhật sau tai nạn tạt axit thương tâm của Cúc dường như bị dội gáo nước lạnh bởi sự bàn tán xôn xao của bạn bè chung trường.
Ai cũng xì xào bàn tán về dung nhan của cô nữ sinh, vốn được mệnh danh là hoa khôi nức tiếng ngày nào. Trong khi đa phần bạn bè trong lớp đều thương cảm thì hai cô bạn của Thảo ra sức trêu chọc. Họ lấy việc của cô ra làm trò cười và rất hả hê. Cảnh Cúc lột bỏ khăn, đưa toàn bộ khuôn mặt bị tạt axit của mình khiến ai cũng thương cảm.
Tự ý thức được trách nhiệm với chính mình và gia đình, Cúc xông xáo trong việc chế tạo loại phân hóa học mới làm nguyên liệu bón cho cây trồng. Cô được đông đảo nhà vườn ủng hộ, một phần giúp gia đình có thu nhập, phần khác giúp cô hòa nhập nhanh hơn. Nhưng, niềm vui ngắn chẳng tày gang một sự việc đau lòng khác ập đến.
Các nhà vườn có sử dụng phân bón của cô hoa cúc đồng loạt chết cháy. Họ đến nhà Cúc lớn tiếng đòi bắt đền, bồi thường thiệt hại. Mặc cho Cúc ra sức van xin, muốn điều tra rõ sự việc không ai chịu tin cô sinh viên nghèo. Đỉnh điểm của sự việc khi lén lấy lại mẫu phân từ một nhà vườn, cô bị mắng chửi thậm tệ và đánh tới tấp.
Trong tập mới nhất của bộ phim, sau lần chạm trán tại quán café nơi Cúc xin làm tạp vụ, Thiên đã lên kế hoạch phải “ăn tươi nuốt sống” Cúc cho bằng được, bất luận hiện tại cô không còn là cô hoa khôi xinh đẹp ngày nào. Thiên không chỉ hành động một mình mà anh còn rủ thêm người bạn lên kế hoạch bắt cóc Cúc rất chi tiết.
Cô gái nhỏ nhắn sau dễ dàng sa lưới sau khi bị bỏ thuốc mê. Không dừng lại ở đó, chúng còn cho cô uống thuốc kích dục trước khi dở trò đồi bại, thú tính. Bộ mặt ghê tởm của Thiên đã bộc lộ thói bệnh hoạn khi anh hả hê nhìn Cúc bị hãm hiếp, cướp đi đời con gái còn mình thản nhiên chụp hình, quay lại clip.
Trong trạng thái không tỉnh táo và sức mạnh của hai gã đàn ông chỉ muốn ăn tươi nuốt sống mình, cô chẳng thể phản kháng và đành chấp nhận sự nhục nhã ê chề. Sau này, chính Thiên thừa nhận vì tán tỉnh Cúc không thành, lại biết cô là cô gái đoan chính nên bằng mọi cách xâm hại để thỏa mãn dục vọng bản thân.
Chưa hoàn hồn sau khi bị tạt axit lại bị cưỡng hiếp tập thể, Cúc rơi vào trạng thái hoảng loạn cực độ. Khi Thiên và bạn đã rời đi, cô ở lại căn nhà hoang một mình và lê từng bước trong nặng nề đau đớn tột cùng.
Khi tỏ bày hết câu chuyện cùng mẹ và gia đình, Cúc thậm chí còn muốn cắt tay tự tử nếu không được can ngăn kịp thời. Sau những bi kịch liên tiếp dồn dập, liệu trước mắt biến cố nào sẽ còn xảy đến với Cúc?