Hải quân Đế quốc Nhật Bản (IJN) đã thành lập được hạm đội tàu ngầm đa dạng nhất trong Thế chiến 2, bao gồm lớp tàu ngầm ngư lôi có người lái, tàu ngầm hạng trung, các tàu ngầm của hạm đội có thể mang theo một máy bay, tàu ngầm có tốc độ lặn cao nhất (I-201) và tàu ngầm lớn nhất trong Thế chiến 2, có thể mang nhiều máy bay ném bom (I-400).Nhìn chung, mặc dù có cải tiến kỹ thuật tiên tiến, nhưng tàu ngầm Nhật Bản được chế tạo với số lượng tương đối nhỏ và ít ảnh hưởng đến chiến tranh hơn so với các lực lượng hải quân lớn khác.IJN theo đuổi học thuyết về du kích, do đó tàu ngầm thường được sử dụng trong vai trò tấn công chống lại tàu chiến. Tuy nhiên, tàu chiến khó bị tấn công và đánh chìm hơn tàu buôn vì tàu hải quân nhanh hơn, cơ động hơn và phòng thủ tốt hơn.Tuy nhiên, tàu ngầm IJN đã có một số thành công đáng chú ý trước các tàu chiến Mỹ. Tiêu biểu như trong trận Midway, tàu ngầm I-168 đã thực hiện cuộc tấn công cuối cùng, nó đã đánh chìm tàu sân bay USS Yorktown và tàu khu trục USS Hammann.Một chiến tích đặc biệt khác là chiếc máy bay được phóng từ tàu ngầm mang máy bay cải tiến I-25, đã tiến hành cuộc tấn công ném bom trên không duy nhất từng có trên lục địa Mỹ. Chiếc máy bay trinh sát Yokosuka E14Y thả bốn quả bom bên ngoài thị trấn Brookings, Oregon vào ngày 9/9/1942.Tuy nhiên, khi lượng cung ứng nhiên liệu giảm dần và ưu thế trên không bị mất, các tàu ngầm của Nhật Bản không còn có thể tiếp tục đạt được những thành công như vậy. Trong khi Mỹ có thể tăng cường sản xuất các tàu khu trục và hộ tống khu trục hạm, cũng như áp dụng các kỹ thuật chống tàu ngầm hiệu quả cao đã học được trong Trận chiến Đại Tây Dương.Mặc dù trong Thế chiến 2, tàu ngầm Nhật Bản cũng được trang bị một trong những loại ngư lôi tốt và nguy hiểm nhất thế giới lúc đó là Shiki 95 (Type 95), tuy nhiên thành tích mà họ đạt được cũng rất hiếm hoi.Theo các chuyên gia quân sự, nguyên nhân chính là do Nhật Bản đã áp dụng một học thuyết hải quân lỗi thời vào chiến trường hiện đại, đó là học thuyết "Kantai Kessen" (Hạm đội Quyết chiến/Trận đánh Quyết định). Học thuyết này nêu rằng vai trò của tàu ngầm là trinh sát, thăm dò và quấy nhiễu, tiêu hao sinh lực địch. Nhiệm vụ chính của chúng là xác định vị trí, bám đuôi và tấn công những đơn vị đặc nhiệm của kẻ địch.Tàu ngầm Nhật Bản chỉ dành được một số thành công nhỏ vào đầu cuộc chiến và tất nhiên, với sự phát triển vượt bậc của quân Đồng Minh so với Nhật về công nghệ, phương thức tác chiến, quân số... mà suốt những năm sau đó người Nhật không bao giờ có được một thành tích khả quan nào.Ngoài ra các tàu ngầm Nhật còn chịu nhiều bất lợi đó là kích thước lớn không cần thiết dễ dàng khiến chúng bị phát hiện bằng mắt thường và radar, lặn chậm, khó cơ động dưới mặt nước, dễ dàng bị đánh trúng, cách âm kém, dễ bị phát hiện bằng sonar.Chất lượng thép không cao nên vỏ tàu ngầm Nhật hoàn toàn không thể sánh vai được với Đức, Anh, hay Mỹ, thế nên họ không thể lặn sâu hay sống sót qua những đợt vùi dập khốc liệt của mìn chống ngầm hay đá ngầm.Tàu ngầm Nhật lại không hề có lấy một bộ radar nào, phải đến tận tháng 6 năm 1944 thì bộ radar đầu tiên mới được trang bị, dĩ nhiên chất lượng của nó không bao giờ có thể sánh với quân Đồng Minh. Một vấn đề nữa là tàu ngầm Nhật Bản phải tiến hành những chuyến hành trình cung cấp hàng tiếp tế cho quân Nhật bị cô lập trên các hòn đảo.Có thể hiểu cho người Nhật là họ không thể để quân lính của mình bị bỏ đói trên các đảo nên họ phải dùng tất cả mọi thứ mình có để duy trì đường tiếp tế, nhưng theo góc nhìn chiến lược hải quân thì dùng tàu ngầm để vận tải hoàn toàn không phải là ý hay.Hàng trăm lần ra khơi của các tàu ngầm mà lẽ ra đã có thể dùng để tấn công, kiềm hãm kẻ địch lại được dùng cho nhiệm vụ đầy rủi ro này. Khi đi vận chuyển những chiếc tàu ngầm có thể bị những chiến hạm săn ngầm của Đồng Minh đón đầu tiêu diệt, hơn nữa khả năng chuyên chở của tàu ngầm thấp hơn rất nhiều so với một tàu vận tải thông thường với giá rẻ hơn.Nhưng Nhật Bản vẫn tiếp tục đóng nhiều tàu ngầm không vũ trang (gồm cả 26 chiếc cho lục quân) chuyên dùng cho nhiệm vụ vận tải, gây lãng phí nguồn tài nguyên, nhiên liệu quý giá hiếm hoi của mình. Dĩ nhiên là IJN đã phải trả giá đắt cho những thiếu sót đáng thất vọng này.Nhật bắt đầu cuộc chiến với 63 tàu ngầm (không tính tàu ngầm mini) và thêm 111 chiếc nữa trong cuộc chiến, tổng cộng là 174 chiếc. 3/4 số tàu này (128 chiếc) đã bị mất trong chiến đấu. Những chiếc còn sót lại nếu không phải là tàu huấn luyện thì cũng chỉ là mới được ra khơi chưa được tham chiến một trận nào.Đối với những tàu có tham gia chiến đấu, tổn thất của họ cực kì thảm hại khi gần như không một ai trở về. Trong tổng số 30 tàu ngầm Nhật Bản tham gia hỗ trợ cuộc tấn công vào Trân Châu Cảng ngày 7/12/1941, không một chiếc nào còn sống sót sau cuộc chiến.
Hải quân Đế quốc Nhật Bản (IJN) đã thành lập được hạm đội tàu ngầm đa dạng nhất trong Thế chiến 2, bao gồm lớp tàu ngầm ngư lôi có người lái, tàu ngầm hạng trung, các tàu ngầm của hạm đội có thể mang theo một máy bay, tàu ngầm có tốc độ lặn cao nhất (I-201) và tàu ngầm lớn nhất trong Thế chiến 2, có thể mang nhiều máy bay ném bom (I-400).
Nhìn chung, mặc dù có cải tiến kỹ thuật tiên tiến, nhưng tàu ngầm Nhật Bản được chế tạo với số lượng tương đối nhỏ và ít ảnh hưởng đến chiến tranh hơn so với các lực lượng hải quân lớn khác.
IJN theo đuổi học thuyết về du kích, do đó tàu ngầm thường được sử dụng trong vai trò tấn công chống lại tàu chiến. Tuy nhiên, tàu chiến khó bị tấn công và đánh chìm hơn tàu buôn vì tàu hải quân nhanh hơn, cơ động hơn và phòng thủ tốt hơn.
Tuy nhiên, tàu ngầm IJN đã có một số thành công đáng chú ý trước các tàu chiến Mỹ. Tiêu biểu như trong trận Midway, tàu ngầm I-168 đã thực hiện cuộc tấn công cuối cùng, nó đã đánh chìm tàu sân bay USS Yorktown và tàu khu trục USS Hammann.
Một chiến tích đặc biệt khác là chiếc máy bay được phóng từ tàu ngầm mang máy bay cải tiến I-25, đã tiến hành cuộc tấn công ném bom trên không duy nhất từng có trên lục địa Mỹ. Chiếc máy bay trinh sát Yokosuka E14Y thả bốn quả bom bên ngoài thị trấn Brookings, Oregon vào ngày 9/9/1942.
Tuy nhiên, khi lượng cung ứng nhiên liệu giảm dần và ưu thế trên không bị mất, các tàu ngầm của Nhật Bản không còn có thể tiếp tục đạt được những thành công như vậy. Trong khi Mỹ có thể tăng cường sản xuất các tàu khu trục và hộ tống khu trục hạm, cũng như áp dụng các kỹ thuật chống tàu ngầm hiệu quả cao đã học được trong Trận chiến Đại Tây Dương.
Mặc dù trong Thế chiến 2, tàu ngầm Nhật Bản cũng được trang bị một trong những loại ngư lôi tốt và nguy hiểm nhất thế giới lúc đó là Shiki 95 (Type 95), tuy nhiên thành tích mà họ đạt được cũng rất hiếm hoi.
Theo các chuyên gia quân sự, nguyên nhân chính là do Nhật Bản đã áp dụng một học thuyết hải quân lỗi thời vào chiến trường hiện đại, đó là học thuyết "Kantai Kessen" (Hạm đội Quyết chiến/Trận đánh Quyết định). Học thuyết này nêu rằng vai trò của tàu ngầm là trinh sát, thăm dò và quấy nhiễu, tiêu hao sinh lực địch. Nhiệm vụ chính của chúng là xác định vị trí, bám đuôi và tấn công những đơn vị đặc nhiệm của kẻ địch.
Tàu ngầm Nhật Bản chỉ dành được một số thành công nhỏ vào đầu cuộc chiến và tất nhiên, với sự phát triển vượt bậc của quân Đồng Minh so với Nhật về công nghệ, phương thức tác chiến, quân số... mà suốt những năm sau đó người Nhật không bao giờ có được một thành tích khả quan nào.
Ngoài ra các tàu ngầm Nhật còn chịu nhiều bất lợi đó là kích thước lớn không cần thiết dễ dàng khiến chúng bị phát hiện bằng mắt thường và radar, lặn chậm, khó cơ động dưới mặt nước, dễ dàng bị đánh trúng, cách âm kém, dễ bị phát hiện bằng sonar.
Chất lượng thép không cao nên vỏ tàu ngầm Nhật hoàn toàn không thể sánh vai được với Đức, Anh, hay Mỹ, thế nên họ không thể lặn sâu hay sống sót qua những đợt vùi dập khốc liệt của mìn chống ngầm hay đá ngầm.
Tàu ngầm Nhật lại không hề có lấy một bộ radar nào, phải đến tận tháng 6 năm 1944 thì bộ radar đầu tiên mới được trang bị, dĩ nhiên chất lượng của nó không bao giờ có thể sánh với quân Đồng Minh. Một vấn đề nữa là tàu ngầm Nhật Bản phải tiến hành những chuyến hành trình cung cấp hàng tiếp tế cho quân Nhật bị cô lập trên các hòn đảo.
Có thể hiểu cho người Nhật là họ không thể để quân lính của mình bị bỏ đói trên các đảo nên họ phải dùng tất cả mọi thứ mình có để duy trì đường tiếp tế, nhưng theo góc nhìn chiến lược hải quân thì dùng tàu ngầm để vận tải hoàn toàn không phải là ý hay.
Hàng trăm lần ra khơi của các tàu ngầm mà lẽ ra đã có thể dùng để tấn công, kiềm hãm kẻ địch lại được dùng cho nhiệm vụ đầy rủi ro này. Khi đi vận chuyển những chiếc tàu ngầm có thể bị những chiến hạm săn ngầm của Đồng Minh đón đầu tiêu diệt, hơn nữa khả năng chuyên chở của tàu ngầm thấp hơn rất nhiều so với một tàu vận tải thông thường với giá rẻ hơn.
Nhưng Nhật Bản vẫn tiếp tục đóng nhiều tàu ngầm không vũ trang (gồm cả 26 chiếc cho lục quân) chuyên dùng cho nhiệm vụ vận tải, gây lãng phí nguồn tài nguyên, nhiên liệu quý giá hiếm hoi của mình. Dĩ nhiên là IJN đã phải trả giá đắt cho những thiếu sót đáng thất vọng này.
Nhật bắt đầu cuộc chiến với 63 tàu ngầm (không tính tàu ngầm mini) và thêm 111 chiếc nữa trong cuộc chiến, tổng cộng là 174 chiếc. 3/4 số tàu này (128 chiếc) đã bị mất trong chiến đấu. Những chiếc còn sót lại nếu không phải là tàu huấn luyện thì cũng chỉ là mới được ra khơi chưa được tham chiến một trận nào.
Đối với những tàu có tham gia chiến đấu, tổn thất của họ cực kì thảm hại khi gần như không một ai trở về. Trong tổng số 30 tàu ngầm Nhật Bản tham gia hỗ trợ cuộc tấn công vào Trân Châu Cảng ngày 7/12/1941, không một chiếc nào còn sống sót sau cuộc chiến.