Theo sách "Đại Việt sử ký toàn thư", Nguyên phi Ỷ Lan có tên thật là Lê Khiết Nương và Lê Thị Yến. Bà là vợ thứ của vua Lý Thánh Tông và là mẹ đẻ của vua Lý Nhân Tông. Theo truyền thuyết thì bà Ỷ Lan sinh ngày 7 tháng 3 năm Giáp Thân (1044) tại hương Thổ Lỗi, sau đổi là Siêu Loại. Vào thời nhà Nguyễn, vùng này thuộc phủ Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh và nay thuộc huyện Gia Lâm, TP. Hà Nội. Cha bà làm chức quan nhỏ ở kinh thành Thăng Long thời ấy và mẹ là Vũ Thị Tình, một người làm ruộng tại hương Thổ Lỗi. Đến năm Ỷ Lan 12 tuổi, thì mẹ ốm rồi mất và cha lấy mẹ kế, nhưng ít lâu sau người cha cũng qua đời. Kể từ đó, bà chung sống với người mẹ kế và hai người rất thương quý nhau.
Cũng sách trên có đoạn chép về việc bà được vào cung làm vợ vua như sau: Tục truyền rằng, vua Lý Thánh Tông cúng khấn cầu tự nhiều nơi mà chưa thấy hiệu nghiệm, nên mới đi chơi khắp chùa quán. Xa giá đi đến đâu, con trai con gái đổ xô đến xem không ngớt, duy có một người con gái hái dâu cứ đứng tựa trong bụi cỏ lan. Vua trông thấy, gọi đưa vào cung, được vua yêu rồi phong làm Ỷ Lan phu nhân. Sau khi vào cung, Ỷ Lan có thai rồi sinh được con trai là Lý Càn Đức. Nhà vua mừng rỡ phong Ỷ Lan làm Thần phi. Ít năm sau, bà lại sinh thêm một người con trai nữa thì được phong làm Nguyên phi, là người đứng đầu hoàng phi trong cung, chỉ dưới Thượng Dương hoàng hậu.
Tháng 2 năm Kỷ Dậu (1069), vua Lý Thánh Tông thân chinh đi đánh Chiêm Thành. Trước khi đi, nhà vua trao quyền điều khiển chính sự ở triều đình cho Ỷ Lan Nguyên phi. Ra trận, vua đánh mãi không được, nhà vua bèn đem quân về nhưng khi đến châu Cư Liên (Tiên Lữ, Hưng Yên), thì nghe tin Nguyên phi giúp việc nội trị, lòng dân cảm hóa hòa hợp, trong cõi vững vàng, tôn sùng phật giáo, dân gọi là bà Quan Âm. Nghe vậy, nhà vua nói: Nguyên phi là đàn bà còn làm được như thế, ta là nam nhi lại chẳng được việc gì hay sao!
Nói xong, nhà vua liền ra lệnh đem quân trở lại đánh nữa và bắt được vua nước ấy là Chế Củ cùng 5 vạn quân... Năm sau (1070), Chế Củ xin đem đất ba châu: Địa Lý, Ma Linh, Bố Chính (tức vùng Quảng Bình và Quảng Trị) để chuộc tội...
Không phải chỉ có một lần, mà bà đã hai lần đăng đàn nhiếp chính, khiến đất nước dưới triều Lý được hưng thịnh. Những đóng góp của bà cho hoàng triều Lý, nhất là về phật giáo và tài năng trị nước đều được các sử gia đương thời khen ngợi và tán dương. Song thật đáng buồn, vụ "Án Thượng Dương cung" đã để lại tỳ vết khó mờ trong sự nghiệp của bà.
Chuyện kể lại rằng, bấy giờ hoàng hậu họ Dương là Thượng Dương hoàng hậu không có con bèn ngầm bàn với cung tần trong nội điện bắt trộm thái tử Càn Đức về làm con mình, rồi vu cho Nguyên phi Ỷ Lan sinh ra cầm thú. Đến khi thái tử khôn lớn chỉ biết hoàng hậu họ Dương là mẹ mình, mà không hề biết mẹ mình là người phụ nữ họ Lê. Mãi sau này, khi vua cha mất, thái tử lên ngôi, nhà vua mới biết Nguyên phi Ỷ Lan mới chính là mẹ ruột. Vua bấy giờ mới ôm mẹ mà khóc rồi phong cho bà là Á Quốc phu nhân, một lòng tôn kính.
Sau đó, nhà vua cùng mẹ vì oán giận hoàng hậu đã lập mưu gian, hạ lệnh giết 72 cung nữ (cũng có sách ghi là 76 cung nữ) can dự vào việc này, rồi đem chôn họ ở lăng vua Thánh Tông. Dương hoàng hậu do biết trước nên đã chạy trốn. Sử gọi vụ này là "Án Thượng Dương cung".
Sau này hối hận về vụ "Án Thượng Dương cung" bà đã cho xây 72 ngôi chùa và tháp Báo Thiên cao 182 trượng, hàng năm cứ đến ngày 25-7 thì đích thân bà làm lễ giải oan cho họ.
Lời bàn:
Theo sách "Đại Việt sử ký toàn thư", có lần vua Lý Thánh Tông hỏi Ỷ Lan về kế trị nước, Nguyên phi Ỷ Lan tâu: Muốn nước giàu dân mạnh, điều quan trọng là phải biết nghe lời can gián của đấng trung thần. Lời nói ngay nghe chướng tai nhưng có lợi cho việc làm. Thuốc đắng khó uống nhưng chữa được bệnh... Phải xem quyền hành là một thứ đáng sợ. Quyền lực và danh vọng thường làm thay đổi con người. Tự mình tu đức để giáo hóa dân thì sâu hơn mệnh lệnh. Dân bắt chước người trên thì nhanh hơn pháp luật. Muốn nước mạnh hoàng đế phải nhân từ với muôn dân. Phàm xoay cái thế thiên hạ ở nhân chứ không phải ở bạo. Hội đủ những điều ấy, nước Đại Việt sẽ vô địch. Và chỉ riêng với điều này cũng đã là quá đủ để khẳng định Nguyên phi Ỷ Lan không những là một phụ nữ có sắc đẹp, mà có tài và uyên bác bậc nhất trong lịch sử phong kiến của nước Việt.
Thật đáng tiếc đối với Nguyên phi Ỷ Lan là giữa lời nói và việc làm có lúc hoàn toàn trái ngược nhau để lại tiếng ác cho đời. Chính hành động bức tử hoàng hậu Thượng Dương cùng các cung nữ đã trở thành một tì vết trong cuộc đời đẹp đẽ của Nguyên phi. Thế mới biết rằng quyền lực có sức hút mãnh liệt đến nhường nào. Chẳng thế mà ngày nay có không ít đàn bà cố tình học theo người xưa bằng cách họ sẵn sàng cho đi tất cả, để rồi nhận về cái mình muốn, thật ngán ngẩm thay.