Chính thức bay trên bầu trời Việt Nam từ cuối năm 2010, Air Mekong được ví như là một hàng hãng không trẻ. Cùng với Indochina Airlines (đã ngừng bay) và VietJet Air, đây là một trong ba hãng hàng không tư nhân hiếm hoi ở Việt Nam.
Air Mekong được hình thành từ nhiều nhà đầu tư Việt Nam mà đại diện là Công ty đầu tư phát triển sản xuất Hạ Long (Kiên Giang). Theo đề án ban đầu, hãng có tên là Phú Quốc Air, được thành lập theo đề nghị của Ủy ban Nhân dân tỉnh Kiên Giang. Tuy nhiên, trên giấy phép chính thức thành lập mang tên Công ty Cổ phần Hàng không Mê Kông.
Với logo là hình ảnh sếu đầu đỏ cách điệu, Air Mekong bắt đầu cất cánh bay từ 9/10/2010. Sau gần 2 năm hoạt động, hãng đã thực hiện hơn 17.000 chuyến bay an toàn, vận chuyển gần 1,2 triệu hành khách.
Các đường bay độc đáo của hãng từ Hà Nội, TP HCM các điểm du lịch biển đảo và các địa phương ở khu vực Miền Trung và Tây Nguyên đã xác lập cho hãng vị trí vững chắc trên thị trường hàng không Việt Nam. Cách đi riêng mà Air Mekong áp dụng là với 34 chuyến mỗi ngày, hãng tập trung vào khai thác đường bay tới các hải đảo và miền Trung - Tây Nguyên.
Air Mekong sở hữu đội bay gồm bốn tàu bay Bombardier CRJ-900 và 2 máy bay Airbus A321.
Tuy nhiên, quá khứ thăng trầm của Air Mekong trên thương trường Việt Nam đánh dấu một "cuộc chiến" không dễ thắng. Chỉ trong 4 năm ngắn ngủi tồn tại, hãng hàng không này nhiều lần phải đối diện với án “rút giấy phép bay” do ngừng bay quá lâu.
Năm 2013, những thăng trầm ở Mekong Air bắt đầu lộ diện trước dư luận khi hãng
thông báo tạm ngừng khai thác từ ngày 1/3/2013. Sau hơn một tháng ngừng bay với lý do là tái cơ cấu đội tàu bay thì giấy chứng nhận người khai thác tàu bay (AOC) của Air Mekong – một trong hai chứng chỉ quan trọng nhất để một hãng hàng không dân dụng có thể hoạt động đã hết hiệu lực. Đến thời điểm tháng 4/2014, Air Mekong không đủ các điều kiện để duy trì giấy phép kinh doanh vận chuyển hàng không theo quy định.
Cuối tháng 3/2014, Air Mekong liên tiếp có 2 văn bản gửi Cục Hàng không Việt Nam báo cáo kế hoạch khai thác trở lại, tiến trình thực hiện xin cấp lại AOC, đồng thời đề nghị cơ quan chức năng có biện pháp giúp đỡ Air Mekong để không bị hủy bỏ giấy phép kinh doanh vận chuyển hàng không trước tháng 1/2015. Đề nghị này được Bộ GTVT chấp thuận. Song cho đến hết ngày 31/12/2014, Air Mekong vẫn không có bất cứ báo cáo nào đáp ứng yêu cầu của Cục Hàng không Việt Nam. Đây chính là “giọt nước tràn ly” khiến Bộ GTVT quyết định hủy bỏ giấy phép kinh doanh vận chuyển hàng không của hãng này.
Trong quá khứ thăng trầm của Air Mekong, không ít lần hãng trở thành tâm điểm của dư luận. Thành lập từ năm 2008, chính thức cất cánh vào dịp kỷ niệm Nghìn năm Thăng Long -Hà Nội ngày 10/10/2010 nhưng đến tận ngày 4/7/2012, Air Mekong mới có giám đốc điều hành do ông Lương Hoài Nam đảm nhiệm. Song nhậm chức chưa được bao lâu, 4 tháng sau, vị CEO nổi tiếng này đã tuyên bố từ chức vì lý do cá nhân, bỏ mặc Air Mekong đang chìm đắm trong nợ nần.
Tuy nhiên, sự vụ gây ầm ĩ nhất chính là việc Air Mekong không thể trả nợ được tiền xăng cho Công ty Xăng dầu hàng không (Vinapco) khi hãng này mỗi ngày tiêu tốn tới 1,3 tỉ đồng tiền xăng. Vinapco đã nhiều lần phải gửi văn bản tới Air Mekong để thúc nợ tiền xăng do không trả đúng hạn và vượt mức bảo lãnh của ngân hàng.
Phân tích về chi phí “khủng” của Air Mekong, giới chuyên gia cho rằng, việc lựa chọn 4 chiếc máy bay Bombardier CRJ-900 là sai lầm đầu tiên của Air Mekong trong cuộc chạy đua này. Vì với dung lượng 90 ghế/chiếc, nhưng Air Mekong phải chi không dưới 4 tỉ đồng/ngày để nuôi toàn bộ hoạt động của hãng. So với loại có kích cỡ tương đương như Airbus A320, Bombardier CRJ900 chỉ chở được một nửa hành khách, trong khi giá thuê không rẻ hơn là bao. Phục vụ được ít khách, nhưng các chi phí về phi công, tiếp viên, dịch vụ mặt đất... hãng vẫn phải bỏ ra tương đương các loại máy bay khác.