Kết quả kiểm toán 7 dự án BT cho thấy, hầu hết các dự án chỉ định thầu, làm giảm tính cạnh tranh. Thậm chí còn đề xuất dự án không thông qua HĐND, như dự án giải quyết ngập do triều khu vực TPHCM. Hay như dự án xây dựng tuyến đường từ đường Lê Đức Thọ đến khu đô thị mới Xuân Phương (Hà Nội) còn lựa chọn nhà đầu tư thiếu năng lực tài chính. Bên cạnh đó, dự án này còn thương thảo, ký hợp đồng chưa đảm bảo quy định.
Đặc biệt, theo KTNN còn có hợp đồng ký sai quy định gây thất thoát ngân sách nhà nước 282,92 tỷ đồng. Cụ thể là dự án giải quyết ngập do triều khu vực TPHCM (giai đoạn 1), nội dung phụ lục hợp đồng BT xác định giá trị quyết toán dự án BT nhà đầu tư chuyển nhượng cho UBND TPHCM không bao gồm thuế giá trị gia tăng (GTGT). Theo KTNN, việc này chưa phù hợp với Luật Thuế GTGT, dẫn đến thiếu số thuế GTGT đầu ra phải nộp vào ngân sách nhà nước đến 31/12/2017 là 282,9 tỷ đồng. Trong khi doanh nghiệp đã đề xuất và được Cục Thuế TPHCM thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT 267,7 tỷ đồng.
Một bất cập khác được cơ quan kiểm toán chỉ ra là tình trạng giao đất chỉ định cho nhà đầu tư trái với quy định của Luật Đất đai. Hay việc không quy định cụ thể thời điểm giao đất dẫn đến có dự án được giao đất trước khi thực hiện dự án BT, có dự án được giao đất trong khi thực hiện dự án BT và có dự án BT đã hoàn thành nhưng chưa giao đất. Điển hình như các dự án đầu tư xây dựng nút giao thông trung tâm quận Long Biên; xây dựng tuyến đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên.
KTNN cũng cho biết: việc tạm tính tiền sử dụng đất để xác định giá trị đối ứng khi giao đất cho dự án BT tại thời điểm thực hiện dự án BT dễ dẫn đến thất thoát ngân sách. Điển hình được nhắc đến vẫn là dự án xây dựng tuyến đường từ đường Lê Đức Thọ đến Khu đô thị mới Xuân Phương.
Theo KTNN, do giá trị hợp đồng BT tạm xác định theo tổng mức đầu tư được duyệt thường cao hơn thực tế thực hiện, thời gian thi công các dự án BT dài và tiền sử dụng đất tạm tính chưa sát đúng, nên giá trị tiền sử dụng đất nhà đầu tư phải nộp ngân sách khi được giao đất đối ứng tại thời điểm thực hiện dự án thường thấp hơn giá trị khi quyết toán công trình BT.
Vốn vay làm tăng chi phí đầu tư, tiềm ẩn rủi ro
Cũng theo KTNN, việc xác định giá đất theo phương pháp thặng dư tại Thông tư số 145 của Bộ Tài chính và số 36 của Bộ TN&MT, cho phép tính chi phí dự phòng trong chi phí phát triển còn bất hợp lý, không sát hoặc phụ thuộc yếu tố chủ quan dẫn đến giá đất thấp, không sát giá thị trường làm thất thoát lớn tài sản, ngân sách. KTNN khẳng định, đây là lỗ hổng lớn nhất làm thất thoát tài sản, ngân sách nhà nước.
Cơ quan kiểm toán nêu, dự án Khu đô thị mới Xuân Phương, mặc dù hợp đồng BT ký thống nhất tiền sử dụng đất đối ứng với giá trị dự án BT theo nguyên tắc ngang giá, cùng thời điểm ký kết hợp đồng BT và giá không đổi, nên không có yếu tố dự phòng. Thế nhưng, do áp dụng phương pháp thặng dư quy định tại hai thông tư kể trên nên vẫn xác định phí phát triển bao gồm cả dự phòng 323,2 tỷ đồng, làm giảm tiền sử dụng đất phải nộp tương ứng 323,2 tỷ đồng.
KTNN cũng chỉ ra thực trạng các dự án BT thực hiện chủ yếu bằng vốn vay, làm tăng chi phí đầu tư dự án, tiềm ẩn nhiều rủi ro trong quá trình thực hiện; tính lãi vay trên phần vốn không phải đi vay vào quyết toán không theo quy định hợp đồng, như dự án đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên. Cùng với đó còn có thực trạng xác định lãi vay chưa chính xác, như tại nút giao thông trung tâm quận Long Biên 150,2 tỷ đồng...