Theo quy hoạch do CTCP Tư vấn xây dựng công trình Hàng Hải (đơn vị tư vấn) lập, quy hoạch cảng container, tổng hợp, hàng rời dự kiến được bổ sung tại 4 vị trí trên địa bàn huyện Cần Giờ. Sau khi xem xét, ưu nhược điểm của từng vị trí đã được Sở GTVT TP HCM phân tích.
Đối với vị trí số 1, tiếp giáp sông Lòng Tàu (xã Bình Khánh, Cần Giờ), theo đơn vị tư vấn, dự kiến quy hoạch cảng biển quy mô 250 ha, có thể đón tàu 30.000 - 50.000 DWT.
Theo đánh giá của Sở GTVT, vị trí này có thể kết nối giao thông thuận lợi với tuyến cao tốc Bến Lức - Long Thành đang được xây dựng nên có khả năng xem xét nghiên cứu bổ sung quy hoạch cảng biển. Tuy nhiên, Sở cho rằng cần nghiên cứu diện tích khu dịch vụ phía sau cầu cảng như bãi chứa container, các dịch vụ logistics.
Đối với vị trí số 2, tiếp giáp sông Lòng Tàu (thuộc xã Thạnh An, Cần Giờ), dự kiến quy hoạch cảng biển với quy mô 50 ha, có thể đón tàu đến 100.000 DWT, nằm trong vùng đệm khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ. Theo đánh giá của Sở GTVT, vị trí này không có quy hoạch giao thông bộ kết nối nên đề xuất không nghiên cứu.
Đối với vị trí số 3, tiếp giáp luồng Sài Gòn - Vũng Tàu (thuộc xã Long Hoà, Cần Giờ), dự kiến quy hoạch cảng biển quy mô 150 ha, có thể tàu đến 150.000 DWT, nằm trong vùng đệm Khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ.
Theo phân tích của Sở GTVT, vị trí này có kết nối giao thông vào tuyến đường Rừng Sác, nằm tại cửa biển, tiếp nhận được tàu biển có tải trọng lớn và tiếp nhận được tàu khách quốc tế.
Nếu nghiên cứu quy hoạch cảng biển cần nghiên cứu phát triển cảng trung chuyển hàng hoá chủ yếu bằng đường thủy, hạn chế tối đa vận chuyển đường bộ. Đồng thời, Sở đề xuất cần lấy ý kiến Bộ Tài nguyên và Môi trường đối với quy hoạch vì nằm trong vùng đệm khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ.
Đối với vị trí số 4, tiếp giáp luồng Cái Mép - Thị Vải (thuộc địa phận Cù Lao Ông Chó), dự kiến quy hoạch cảng biển chuyên dụng với quy mô 100 ha, có thể đón tàu đến 200.000 DWT.
Ở vi trí này Sở GTVT đánh giá tuy không có quy hoạch giao thông đường bộ kết nối vào cảng nhưng do nằm tại cửa biển giáp với tuyến luồng hàng hải quan trọng là tuyến Luồng Cái Mép - Thị Vải và luồng Sài Gòn - Vũng Tàu nên có thể tiếp nhận được tàu biển có tải trọng lớn. Vì vậy, khu vực này nên nghiên cứu quy hoạch cảng biển chuyên dụng và thực hiện trung chuyển hàng hoá bằng đường thuỷ nội địa.
Ngoài 4 vị trí được đề xuất, đơn vị tư vấn cũng đề xuất xem xét nghiên cứu quy hoạch cảng biển nước sâu tại bờ phải sông Thị Vải, khu vực Cù lao Gò Gia, huyện Cần Giờ để phục vụ tàu biển 80.000 DWT. Cảng này được để xuất quy hoạch giai đoạn sau năm 2030.