Giải mã bí ẩn về người đầu tiên xây dựng triều Nguyễn ở Đàng Trong

Theo Lịch sử Việt Nam, lên kế vị năm 1613 thì đến năm 1614, Nguyễn Phúc Nguyên cho cải tổ bộ máy hành chính, tự bổ dụng tất cả quan lại, thải hồi hết thuộc tướng của họ Trịnh, chia đất Thuận Quảng thành nhiều dinh và bắt đầu đặt Tam ty. Trụ sở chính quyền đặt tại chính dinh (Dinh Cát), gồm ba cơ quan chính là ba ty chính, sau đặt thêm hai ty phụ. Dưới dinh là phủ, huyện hay châu. Năm 1615, Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu quy định về chức vụ của quan lại ở phủ, huyện. Ngoài ra, chúa Sãi còn chú trọng sửa thành lũy, đặt quan ải, vỗ về quân dân, trong ngoài đâu cũng vui phục. Năm 1620, hai người em của chúa Sãi là Nguyễn Phúc Hiệp và Nguyễn Phúc Trạch gửi mật thư xin họ Trịnh phát binh, tự mình làm nội ứng, hẹn khi nào việc họ Trịnh xong thì chia Đàng Trong cho trấn giữ. Chúa Trịnh khi đó là Trịnh Tráng đã điều tướng Nguyễn Khải, phối hợp với hai nội ứng Hiệp và Trạch, đem 5.000 quân vào đóng ở cửa Nhật Lệ (thuộc huyện Phong Lộc) để đợi đánh quân Nguyễn. Nguyễn Phúc Nguyên sai tướng dẹp được hai người em, quân Trịnh phải rút. Thấy chúa Trịnh vô cớ nổi binh, Nguyễn Phúc Nguyên mới tỏ rõ thái độ đối lập với họ Trịnh, cắt đứt quan hệ lệ thuộc và không nộp thuế hàng năm cho chính quyền Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài. Sự kiện này mở đầu cho thời kỳ xung đột đạt đến điểm cao độ, dẫn đến cuộc nội chiến tương tàn kéo dài từ năm 1627 đến năm 1672 giữa hai tập đoàn phong kiến Trịnh - Nguyễn.

Chúa Nguyễn Phúc Nguyên tham gia hai cuộc chiến đầu tiên vào năm 1627 và 1633 trong nội chiến Trịnh - Nguyễn. Năm 1624, Trịnh Tráng sai người vào đòi thuế đất từ họ Nguyễn nhưng đã bị chúa Nguyễn Phúc Nguyên từ chối. Hai năm sau, Trịnh Tráng cho quân đóng đồn ở xã Hà Trung (thuộc huyện Kỳ Anh), đồng thời sai người vào đòi thuế và mời chúa Nguyễn đến Đông Đô chầu vua Lê. Lần này, chúa Nguyễn vẫn khéo léo từ chối.Đến năm 1627, chúa Trịnh lại sai sứ mang sắc vua Lê vào dụ chúa Sãi cho con ra chầu và đòi nộp 30 con voi đực cùng 30 chiếc thuyền đi biển để dùng vào việc cống nộp triều Minh. Nguyễn Phúc Nguyên tiếp tục không làm theo. Lần này, chúa Trịnh không chịu nổi nữa bèn phát quân đánh họ Nguyễn. Năm 1633, con thứ ba của chúa Sãi là Phúc Anh đang trấn thủ Quảng Nam bất mãn vì không được lập làm thế tử đã ngầm sai người liên kết với họ Trịnh, xui chúa Trịnh đem quân vào đánh. Đến tháng 12 năm đó, chúa Trịnh Tráng dẫn vua Lê, tự thống lĩnh đại quân thủy bộ tiến thẳng tới cửa biển Nhật Lệ nhưng khi bắn súng làm hiệu thì không thấy Phúc Anh tiếp ứng nên đã nghi ngờ và lui quân tránh xã lũy để chờ. Về phía họ Nguyễn, chúa sai Nguyễn Mỹ Thắng và Nguyễn Hữu Dật đem quân chống lại. Nguyễn Phúc Kiều đóng cọc gỗ ở cửa biển để chặn. Nguyễn Hữu Tiến thì cho đắp lũy Trường Sa để bảo vệ lũy chính. Hơn một tuần không thấy nội ứng (do kế hoạch của Nguyễn Phúc Anh bất thành), quân Trịnh chán nản, lại bị quân Nguyễn xông ra đánh nên hoảng loạn, tháo chạy, chết quá nửa. Trịnh Tráng để lại con rể là Nguyễn Khắc Liệt ở lại trấn thủ Bắc Bố Chính rồi rút quân về. Sau trận này, đến năm 1635, chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên qua đời. Những trận chiến còn lại thuộc cuộc nội chiến Trịnh - Nguyễn do các chúa Nguyễn sau chỉ huy.

Để giữ mối quan hệ với Chân Lạp và Chiêm Thành, chúa Nguyễn Phúc Nguyên đã gả hai con gái là Ngọc Vạn và Ngọc Khoa cho vua hai nước này. Đây cũng là hai trong bốn công chúa được đánh giá ảnh hưởng nhất trong lịch sử các triều đại phong kiến Việt Nam. Năm 1620, công chúa (công nữ) Nguyễn Phúc Ngọc Vạn, con gái thứ hai của chúa Sãi được gả cho vua Chân Lạp là Chey Chetta II và trở thành Hoàng hậu nước này. Nhờ đó, tình giao hảo giữa hai nước được tốt đẹp, chúa Nguyễn có thể dồn lực đối phó với chúa Trịnh ở Đàng Ngoài, đồng thời cũng tạo thêm cơ hội cho người Việt mở rộng lãnh thổ về phía nam. Chuyện công nữ Ngọc Vạn chỉ được đề cập đến trong sách sử Cao Miên do các nhà học giả Pháp biên soạn chứ không xuất hiện trong sử nhà Nguyễn. GS Phan Khoang trong cuốn Việt sử Đàng Trong cho rằng có thể các sử thần nhà Nguyễn nhận định các cuộc hôn nhân chính trị không đẹp nhưng thực tế chính sách ấy đã đem lại nhiều lợi ích quan trọng. Cuộc hôn nhân chính trị của Nguyễn Phúc Ngọc Khoa, con thứ ba của chúa Sãi cũng không được sử sách nhắc tới. Tuy nhiên, sách Nguyễn Phúc tộc thế phả, do chính Hội đồng Nguyễn Phúc tộc viết lại, đã chép rằng “Năm Tân Mùi (1631), bà (Ngọc Khoa) được Hy Tông (tức chúa Sãi) gả cho vua Chiêm Thành là Pôrômê. Nhờ có cuộc hôn phối này mà tình giao hảo giữa hai nước Việt - Chiêm được tốt đẹp”.

Được sự tiến cử của Khám lý Trần Đức Hòa, Chúa Phúc Nguyên đã thu dụng Đào Duy Từ (1572–1634). Nhờ có sự hiến kế của Đào Duy Từ, ông đã cho xây Lũy Thầy (lũy Trường Dục, lũy Nhật Lệ và lũy Trường Sa); tạo thành một thế vững chắc cho xứ Đàng Trong, gây dựng chính quyền độc lập với Đàng Ngoài. Đào Duy Từ là nhà quân sự, nhà thơ và nhà văn hóa, danh thần thời chúa Nguyễn Phúc Nguyên, ông chỉ làm quan với Chúa Nguyễn có tám năm, nhưng trong tám năm đó, ông đã xây dựng cho họ Nguyễn một cơ sở xã hội vững chắc, và một quân đội hùng mạnh. Vì vậy ông được coi là đệ nhất khai quốc công thần của họ Nguyễn và được thờ ở nhà Thái miếu. Đào Duy Từ, ngoài những công lao vĩ đại với cơ nghiệp họ Nguyễn, còn được xem là người đặt nền móng cho nghệ thuật tuồng ở Việt Nam.

Do nhu cầu phát triển lực lượng chống Trịnh, Chúa Sãi mời cha con nhà Jean De La Croix (Bồ Đào Nha) từ Hội An ra Huế giúp nhà Chúa mở xưởng đúc vũ khí đạn dược. Jean De La Croix cần có nơi hành lễ hàng tuần và sau đó nhà thờ Cơ đốc giáo đầu tiên xuất hiện trên đất Huế. Năm 1624, Chúa Nguyễn Phúc Nguyên gửi thư và tặng vật cho Toàn quyền Hà Lan ở Nam Dương (Inđônêxia), ngỏ lời mời thuyền buôn Hà Lan qua lại buôn bán với Đàng Trong.Cuối năm 1624, Linh mục Alexandre de Rhodes và sáu giáo sĩ dòng Tên đến Hội An. Năm 1634, Chúa Phúc Nguyên ra lệnh cấm truyền bá đạo Công giáo.Năm 1631, Chúa lập ra sở đúc súng đại bác, mở trường bắn, trường tập voi, tập ngựa, cứ hằng năm luyện tập để phòng bị chiến tranh.