Chúa Nguyễn Hoàng vào trấn thủ xứ Thuận Hóa từ năm 1558, sau đó, ông được giao trấn thủ cả đất Quảng Nam. Năm 1593, Nguyễn Hoàng đem quân ra Bắc giúp Trịnh Tùng dẹp họ Mạc, lập nhiều công lao, tuy nhiên ông bị Trịnh Tùng ghen ghét, không cho về Nam.

Theo bộ Đại Việt sử ký tục biên, vào ngày đầu năm Canh Tý, 1600, Đoan quốc công Nguyễn Hoàng xúi bọn Kế quận công Phan Ngạn, Tráng quận công Ngô Đình Nga, Mỹ quận công Bùi Văn Khuê làm phản, để Nguyễn Hoàng xin đem quân đuổi theo, rồi đốt hết doanh trại, trở về Thuận Hóa, để lại miền Bắc người con trai thứ năm tên là Hải và cháu nội tên là Hắc làm con tin. Chúa Trịnh Tùng bèn dẫn vua Lê Kính Tông về Tây Đô (Thanh Hóa) để giữ kế căn bản.

Tuy nhiên, vì Phan Ngạn nghi ngờ Bùi Văn Khuê nên sai người bắn chết ông ta giữa sông. Vợ Bùi Văn Khuê là Nguyễn Thị Niên muốn báo thù chồng, treo thưởng hậu cho quân lính và đến ngày 6 tháng Giêng thì bắn chết Ngạn.

Từ Tây Đô, Bình An vương Trịnh Tùng sai Thiêm đô ngự sử, tước Gia Lộc tử là Lê Nghĩa Trạch đem thư cho Thái úy Đoạn quốc công Nguyễn Hoàng, khuyên tiếp tục nộp thuế cho nhà Lê để cung đốn cho việc chi tiêu của nhà nước, với những lời vỗ về nghe rất tình cảm: “Cậu (Nguyễn Hoàng là cậu ruột của Trịnh Tùng) đối với nhà nước mà nói thì là bề tôi huân cựu mấy đời, đối với nhà mà nói thì là tình nghĩa bà con rất thân… Nhiều lần gửi thư giục cậu đốc thu tiền thuế, vận tải lương thực để giúp chi dùng của nước, cậu thường lấy cớ đường biển gian hiểm mà từ…”.

Chiếu thư còn dọa rằng: “Nếu không thế, thì lấy thuận đánh nghịch, triều đình đem quân đánh có cớ lắm rồi, danh tiết của cậu rồi sẽ ra sao? Cậu trong việc quân thường vẫn lưu tâm đến kinh sư, xin hãy nghĩ kỹ, chớ để hối hận về sau”.

Bộ Đại Việt sử ký tục biên ghi rằng, năm đó, Lê Nghĩa Trạch đi vào đến xứ Thuận Hóa, dò biết Nguyễn Hoàng vốn là người đa mưu, nên tự mình để chiếu thư vào trong ống, giấu ở bụi rậm ngoài đồng, rồi mới sai xá nhân chuyển báo có sứ giả từ kinh thành tới.

Nguyễn Hoàng nghe tin Nghĩa Trạch đến, mới lập mưu cướp lấy chiếu thư, làm nhục sứ giả. Đêm khuya, ông sai dũng sĩ đến chỗ trọ cướp hết hòm xiểng đem về, nhưng kiểm tra thì không thấy có chiếu thư. Quyết tâm thực hiện bằng được, chúa lại sai người đến chỗ nhà trọ đốt cháy hết cả.

Nguyễn Hoàng nghĩ rằng giấy tờ của sứ giả bị cháy hết trong đám cháy rồi, ngày hôm sau thân đem tướng tá, chỉnh đốn voi ngựa nghi vệ ra đón. Nhưng trông thấy Nghĩa Trạch hai tay bưng chiếu thư đi đến, chúa lấy làm kinh ngạc, bảo với các tướng tá rằng: “Trời sinh chủ tướng, triều đình có người giỏi”. Từ đấy, Nguyễn Hoàng không có ý ngấp nghé đàng ngoài nữa.

Sử cũ cho biết, Lê Nghĩa Trạch là người làng Cổ Đôi, huyện Nông Cống, tỉnh Thanh Hóa.

Để làm dịu tình hình, Nguyễn Hoàng đã viết thư nhận lỗi, lấy thóc lúa vàng bạc đem ra bắc cống nộp cho Trịnh Tùng, và hẹn kết nghĩa thông gia. Mùa đông năm 1600, Nguyễn Hoàng đã gả con gái là Ngọc Tú cho Trịnh Tráng, con cả của Trịnh Tùng.

Từ đó, Nguyễn Hoàng không ra chầu ngoài kinh nữa, quyết chia đôi sơn hà, lấy sông Gianh làm địa giới, rồi ở đàng trong lo phát triển cơ sở, mở mang bờ cõi, phòng bị quân Trịnh vào đánh phá.

Năm 1627, lấy cớ chúa nối ngôi Nguyễn Hoàng là Nguyễn Phúc Nguyên bỏ không nộp thuế cho vua Lê, Trịnh Tráng làm sắc đứng tên vua Lê gửi trách chúa Nguyễn, đòi đích thân hoặc sai con tải thuế ra bắc. Theo kế của mưu sĩ Đào Duy Từ, chúa Nguyễn Phúc Nguyên một mặt lo tăng cường phòng thủ, một mặt tìm cách trả lại sắc thư.

Sau vụ ngoại giao đổ vỡ này, chúa Trịnh Tráng khởi 20 vạn binh vào nam, bắt đầu 7 lần đại chiến, sử gọi là Trịnh – Nguyễn phân tranh kéo dài gần 50 năm để rồi cuối cùng, hai bên đành phải giằng co ở thế chia đôi đất nước từ những năm 1675 đến 1774.