Cuộc xâm lược Philippines của Nhật Bản bắt đầu vào ngày 8/12/1941, mười giờ sau cuộc tấn công Trân Châu Cảng. Như tại Trân Châu Cảng, máy bay Mỹ đã bị thiệt hại nặng nề trong cuộc tấn công ban đầu của quân Nhật.Thiếu sự che chở của không quân, Hạm đội châu Á của Mỹ tại Philippines rút về Java vào ngày 12/12/1941. Tướng Douglas MacArthur được lệnh rút quân vào đêm 11/3/1942 để đi Australia, nhưng một số lực lượng tại đảo Corregidor vẫn bị bỏ lại.76.000 lính phòng thủ Mỹ và Philippines chết đói và ốm yếu ở Bataan đã đầu hàng vào ngày 9/4/1942, buộc phải chịu đựng cuộc hành quân chết chóc khét tiếng ở Bataan khiến 7.000-10.000 người chết hoặc bị sát hại. 13.000 quân Mỹ sống sót trên Corregidor đã đầu hàng vào ngày 6/5.Các nhà chức trách quân sự Nhật Bản ngay lập tức bắt đầu tổ chức một cơ cấu chính phủ mới ở Philippines. Mặc dù người Nhật đã hứa trao độc lập cho họ sau khi chiếm đóng, ban đầu họ đã tổ chức một Hội đồng Nhà nước để thông qua đó chỉ đạo các vấn đề dân sự cho đến tháng 10/1943, khi họ tuyên bố Philippines là một nước cộng hòa độc lập.Hầu hết các tầng lớp tinh hoa của Philippines đã chấp nhận phục vụ dưới quyền của người Nhật. Sự hợp tác của Philippines trong chính phủ bù nhìn bắt đầu dưới thời Jorge B. Vargas, người ban đầu đượcTtổng thống Quezon bổ nhiệm làm thị trưởng thành phố Manila. Đảng chính trị duy nhất được hoạt động trong thời kỳ chiếm đóng là KALIBAPI do Nhật Bản tổ chức.Trong thời gian chiếm đóng, hầu hết người dân Philippines vẫn trung thành với Mỹ và các tội ác chiến tranh của các lực lượng của Đế quốc Nhật Bản chống lại các lực lượng đồng minh đầu hàng và dân thường đã được ghi lại.Nhật Bản chiếm đóng Philippines trong hơn ba năm. Một chiến dịch du kích có hiệu quả cao của Lực lượng kháng chiến Philippines đã kiểm soát 60% các hòn đảo, chủ yếu là các khu vực rừng và núi.MacArthur cung cấp vũ khí cho họ bằng tàu ngầm, đồng thời gửi quân tiếp viện và các sĩ quan. Người Philippines vẫn trung thành với Mỹ, một phần vì sự đảm bảo độc lập của Mỹ. Chống lại những người du kích này là Cục Constabulary do Nhật Bản thành lập.Các cuộc điều tra sau chiến tranh cho thấy, khoảng 260.000 người tham gia các tổ chức du kích và các thành viên của lực lượng ngầm chống Nhật thậm chí còn nhiều hơn. Hiệu quả của phong trào du kích đến nỗi vào cuối chiến tranh, Nhật Bản chỉ kiểm soát được 12 trong số 48 tỉnh của Philippines.Phong trào du kích Philippines tiếp tục phát triển, bất chấp các chiến dịch của Nhật chống lại họ. Trên khắp đảo Luzon và các đảo phía nam, người Philippines đã tham gia vào nhiều nhóm khác nhau để chống lại quân Nhật.Chỉ huy của các nhóm này đã liên lạc với nhau, tranh luận về việc ai phụ trách vùng lãnh thổ nào và bắt đầu lập kế hoạch hỗ trợ lực lượng Mỹ quay trở lại quần đảo. Họ thu thập thông tin tình báo quan trọng và chuyển nó cho Quân đội Mỹ.Các lực lượng du kích đã xây dựng kho vũ khí, chất nổ và lập kế hoạch hỗ trợ cuộc đổ bộ của MacArthur bằng cách phá hoại các đường dây liên lạc của Nhật Bản và tấn công các lực lượng Nhật Bản từ phía sau.Đảo Mindanao, nơi xa trung tâm Nhật chiếm đóng nhất, có 38.000 du kích được chỉ huy bởi Đại tá công binh Mỹ Wendell Fertig. Du kích của Fertig bao gồm nhiều binh sĩ Quân đội Mỹ và Philippines, những người đã tham gia lực lượng trên Mindanao dưới quyền của Thiếu tướng William F. Sharp.Một nhóm kháng chiến ở khu vực trung Luzon được gọi là Hukbalahap hay Quân đội Nhân dân chống Nhật, được tổ chức vào đầu năm 1942 dưới sự lãnh đạo của Luis Taruc, một đảng viên cộng sản từ năm 1939 với quân số khoảng 30.000 người và mở rộng quyền kiểm soát của họ đối với các phần của Luzon.Tuy nhiên, các hoạt động du kích trên Luzon bị cản trở do sự hiện diện dày đặc của quân Nhật và các cuộc giao tranh giữa các nhóm khác nhau, bao gồm cả việc Hukbalahap tấn công các đơn vị du kích do Mỹ chỉ huy.Vào thời điểm cuộc đổ bộ Leyte, bốn chiếc tàu ngầm được dành riêng cho việc vận chuyển tiếp tế. Các đơn vị du kích khác trực thuộc SWPA hoạt động trên khắp quần đảo. Một số đơn vị này được tổ chức hoặc liên kết trực tiếp với các đơn vị trước khi đầu hàng được lệnh để thực hiện các hoạt động du kích.Tướng MacArthur đã giữ lời hứa quay trở lại Philippines vào ngày 20/10/1944. Cuộc đổ bộ lên đảo Leyte được tháp tùng bởi một lực lượng gồm 700 tàu và 174.000 người. Đến tháng 12/1944, các đảo Leyte và Mindoro đã sạch lính Nhật.Trong chiến dịch, Quân đội Đế quốc Nhật Bản đã tiến hành một cuộc chiến đẫm máu để giữ quần đảo. Các thành phố như Manila biến thành đống đổ nát. Khoảng 500.000 người Philippines đã chết trong thời kỳ chiếm đóng của Nhật Bản.Sau chiến tranh, Chính phủ Mỹ và Philippines đã chính thức ghi nhận một số đơn vị du kích và cá nhân đã chiến đấu chống lại quân Nhật, nhiều chính sách cho lực lượng này được Mỹ và Chính phủ Philippines thực hiện để ghi nhớ sự đóng góp của họ.
Cuộc xâm lược Philippines của Nhật Bản bắt đầu vào ngày 8/12/1941, mười giờ sau cuộc tấn công Trân Châu Cảng. Như tại Trân Châu Cảng, máy bay Mỹ đã bị thiệt hại nặng nề trong cuộc tấn công ban đầu của quân Nhật.
Thiếu sự che chở của không quân, Hạm đội châu Á của Mỹ tại Philippines rút về Java vào ngày 12/12/1941. Tướng Douglas MacArthur được lệnh rút quân vào đêm 11/3/1942 để đi Australia, nhưng một số lực lượng tại đảo Corregidor vẫn bị bỏ lại.
76.000 lính phòng thủ Mỹ và Philippines chết đói và ốm yếu ở Bataan đã đầu hàng vào ngày 9/4/1942, buộc phải chịu đựng cuộc hành quân chết chóc khét tiếng ở Bataan khiến 7.000-10.000 người chết hoặc bị sát hại. 13.000 quân Mỹ sống sót trên Corregidor đã đầu hàng vào ngày 6/5.
Các nhà chức trách quân sự Nhật Bản ngay lập tức bắt đầu tổ chức một cơ cấu chính phủ mới ở Philippines. Mặc dù người Nhật đã hứa trao độc lập cho họ sau khi chiếm đóng, ban đầu họ đã tổ chức một Hội đồng Nhà nước để thông qua đó chỉ đạo các vấn đề dân sự cho đến tháng 10/1943, khi họ tuyên bố Philippines là một nước cộng hòa độc lập.
Hầu hết các tầng lớp tinh hoa của Philippines đã chấp nhận phục vụ dưới quyền của người Nhật. Sự hợp tác của Philippines trong chính phủ bù nhìn bắt đầu dưới thời Jorge B. Vargas, người ban đầu đượcTtổng thống Quezon bổ nhiệm làm thị trưởng thành phố Manila. Đảng chính trị duy nhất được hoạt động trong thời kỳ chiếm đóng là KALIBAPI do Nhật Bản tổ chức.
Trong thời gian chiếm đóng, hầu hết người dân Philippines vẫn trung thành với Mỹ và các tội ác chiến tranh của các lực lượng của Đế quốc Nhật Bản chống lại các lực lượng đồng minh đầu hàng và dân thường đã được ghi lại.
Nhật Bản chiếm đóng Philippines trong hơn ba năm. Một chiến dịch du kích có hiệu quả cao của Lực lượng kháng chiến Philippines đã kiểm soát 60% các hòn đảo, chủ yếu là các khu vực rừng và núi.
MacArthur cung cấp vũ khí cho họ bằng tàu ngầm, đồng thời gửi quân tiếp viện và các sĩ quan. Người Philippines vẫn trung thành với Mỹ, một phần vì sự đảm bảo độc lập của Mỹ. Chống lại những người du kích này là Cục Constabulary do Nhật Bản thành lập.
Các cuộc điều tra sau chiến tranh cho thấy, khoảng 260.000 người tham gia các tổ chức du kích và các thành viên của lực lượng ngầm chống Nhật thậm chí còn nhiều hơn. Hiệu quả của phong trào du kích đến nỗi vào cuối chiến tranh, Nhật Bản chỉ kiểm soát được 12 trong số 48 tỉnh của Philippines.
Phong trào du kích Philippines tiếp tục phát triển, bất chấp các chiến dịch của Nhật chống lại họ. Trên khắp đảo Luzon và các đảo phía nam, người Philippines đã tham gia vào nhiều nhóm khác nhau để chống lại quân Nhật.
Chỉ huy của các nhóm này đã liên lạc với nhau, tranh luận về việc ai phụ trách vùng lãnh thổ nào và bắt đầu lập kế hoạch hỗ trợ lực lượng Mỹ quay trở lại quần đảo. Họ thu thập thông tin tình báo quan trọng và chuyển nó cho Quân đội Mỹ.
Các lực lượng du kích đã xây dựng kho vũ khí, chất nổ và lập kế hoạch hỗ trợ cuộc đổ bộ của MacArthur bằng cách phá hoại các đường dây liên lạc của Nhật Bản và tấn công các lực lượng Nhật Bản từ phía sau.
Đảo Mindanao, nơi xa trung tâm Nhật chiếm đóng nhất, có 38.000 du kích được chỉ huy bởi Đại tá công binh Mỹ Wendell Fertig. Du kích của Fertig bao gồm nhiều binh sĩ Quân đội Mỹ và Philippines, những người đã tham gia lực lượng trên Mindanao dưới quyền của Thiếu tướng William F. Sharp.
Một nhóm kháng chiến ở khu vực trung Luzon được gọi là Hukbalahap hay Quân đội Nhân dân chống Nhật, được tổ chức vào đầu năm 1942 dưới sự lãnh đạo của Luis Taruc, một đảng viên cộng sản từ năm 1939 với quân số khoảng 30.000 người và mở rộng quyền kiểm soát của họ đối với các phần của Luzon.
Tuy nhiên, các hoạt động du kích trên Luzon bị cản trở do sự hiện diện dày đặc của quân Nhật và các cuộc giao tranh giữa các nhóm khác nhau, bao gồm cả việc Hukbalahap tấn công các đơn vị du kích do Mỹ chỉ huy.
Vào thời điểm cuộc đổ bộ Leyte, bốn chiếc tàu ngầm được dành riêng cho việc vận chuyển tiếp tế. Các đơn vị du kích khác trực thuộc SWPA hoạt động trên khắp quần đảo. Một số đơn vị này được tổ chức hoặc liên kết trực tiếp với các đơn vị trước khi đầu hàng được lệnh để thực hiện các hoạt động du kích.
Tướng MacArthur đã giữ lời hứa quay trở lại Philippines vào ngày 20/10/1944. Cuộc đổ bộ lên đảo Leyte được tháp tùng bởi một lực lượng gồm 700 tàu và 174.000 người. Đến tháng 12/1944, các đảo Leyte và Mindoro đã sạch lính Nhật.
Trong chiến dịch, Quân đội Đế quốc Nhật Bản đã tiến hành một cuộc chiến đẫm máu để giữ quần đảo. Các thành phố như Manila biến thành đống đổ nát. Khoảng 500.000 người Philippines đã chết trong thời kỳ chiếm đóng của Nhật Bản.
Sau chiến tranh, Chính phủ Mỹ và Philippines đã chính thức ghi nhận một số đơn vị du kích và cá nhân đã chiến đấu chống lại quân Nhật, nhiều chính sách cho lực lượng này được Mỹ và Chính phủ Philippines thực hiện để ghi nhớ sự đóng góp của họ.