Giống như các tiêm kích tàng hình thế hệ mới khác, Su-57 được thiết kế để mang toàn bộ vũ khí trong khoang thân nhằm giảm diện tích phản xạ radar, tăng khả năng tàng hình và sống sót trước các đòn tấn công tầm xa.
Khoang vũ khí của Su-57 được đánh giá sâu hơn đáng kể so với F-22 của Mỹ, và tương đương nhưng lớn hơn F-35, cho phép mang theo các loại tên lửa có đường kính lớn hơn như tên lửa hành trình. Ngoài khoang chính ở thân, máy bay còn có hai khoang nhỏ ở gốc cánh để chứa tên lửa không đối không tầm ngắn.
Khác với tiêm kích tàng hình của Trung Quốc và Mỹ, Su-57 ít tập trung vào khả năng tàng hình tuyệt đối, mà ưu tiên năng lực tấn công bằng tên lửa hành trình. Đây là máy bay duy nhất trong thế hệ của nó được xác nhận có thể mang tên lửa không đối đất tầm xa, như Kh-59MK2 – loại từng được sử dụng trong chiến dịch quân sự tại Ukraine và có thể cả ở Syria.
Những đặc điểm thiết kế này phản ánh mục tiêu sử dụng của Su-57: không phải để đột nhập sâu vào lãnh thổ đối phương, mà để phối hợp với lực lượng phòng không trong nước, tấn công mục tiêu từ khoảng cách an toàn trong không phận do Nga kiểm soát. Tuy nhiên, chiếc máy bay này cũng từng tham gia một số nhiệm vụ trong vùng không phận tranh chấp, nơi có hệ thống phòng không Ukraine dày đặc.
Su-57 được cho là có 8 đến 10 giá treo vũ khí bên trong, trong đó 6 đến 8 nằm ở khoang chính. Nhiều loại vũ khí mới đã được công bố dành cho máy bay này, như bom chùm lượn PBK-500U Drel hay tên lửa đạn đạo phóng từ trên không. Vào tháng 8, Su-57 được cho là đã tích hợp tên lửa siêu vượt âm không đối đất – có thể là biến thể của tên lửa hành trình Zircon của Hải quân Nga.
Tiêm kích Su-57 tiếp tục là nền tảng ưu tiên cho các thế hệ vũ khí mới, với năng lực được kỳ vọng sẽ tăng đáng kể giá trị chiến lược của nó trong quân đội Nga cũng như trên thị trường quốc tế. Ngoài ra, Nga cũng đang hoàn tất biến thể nâng cấp Su-57M1, được trang bị radar thế hệ mới và khung thân mở rộng, giúp cải thiện hơn nữa khả năng tàng hình và hiệu suất chiến đấu.
