Vua Lê Thần Tông sinh năm 1607 trong bối cảnh đất nước đang trong tình trạng phân quyền Vua Lê – Chúa Trịnh. Quyền lực thật sự nằm ở trong tay các Chúa Trịnh, các Vua Lê phải chịu lép vế.
Vua Lê Thần Tông lên ngôi năm 12 tuổi, dù được sử sách ghi chép là người "thông minh học rộng, mưu lược sâu, văn chương giỏi, xứng đáng là bậc Vua giỏi" nhưng không có thực quyên, phải chịu an phận dưới quyên lực họ Trịnh. Vì vậy mà ông phải lấy vợ già, đã có 4 con, nhưng là con gái của chúa Trịnh Tráng, là Trịnh Thị Ngọc Trúc. Đứng về mặt thứ thế, thì vua Lê phải gọi bà bằng bác dâu, vì bà lấy người bác họ của Vua là Lê Trụ, lúc này đang bị giam trong ngục tối vì mưu phản Chúa. Triều thần can gián, nhưng Vua không nghe và cho rằng "Xong việc thì thôi, lấy gượng vậy".
Việc này giúp ông sống yên ổn trong cái thế "cá chậu chim lồng". Có những lúc ông muốn giành lại quyền… làm vua, nhưng rồi cũng buông xuôi vì Chúa Trịnh Tùng là ông ngoại, chúa tiếp theo, Trịnh Tráng lại là bố vợ và cũng là cậu ruột (mẹ của vua là Đoan Từ Hoàng Thái hậu Trịnh Thị Ngọc Trinh là con gái Trịnh Tùng, chị của Trịnh Tráng).
Xem ra cái quan hệ nhằng nhịt giữa dòng vua và dòng chúa về mặt huyết thống đã giúp cho quyền lực thượng tầng lại vững chắc, xã hội ổn định. Nhất là suốt 200 năm thời Lê-Trịnh, biên giới phía Bắc giữ vững, mặc dù khi đó triều Minh đang hồi cực thịnh và không ngớt dòm ngó Đại Việt.
Trong cái thế Chúa Trịnh, cũng là đằng ngoại của vua nắm quyền lực, Lê Thần Tông có cách xử thế "Vua với nhà Chúa vui vẻ hòa hợp một nhà, dồi dào phong thái thuần hậu hòa mục, ung dung rủ áo chắp tay mà hưởng lộc trời. Thế chẳng tốt đẹp sao. Bốn lần xa giá xuất chinh, hai lần bước lên ngôi báu, đó cũng là xưa nay hiếm có" (Lời bình của sử gia Ngô Sĩ Liên trong "Đại Việt Sử Ký Toàn Thư").
Trong thời gian Lê Thần Tông làm vua, ông cùng với Chúa Trịnh đã làm được khá nhiều việc mà sử sách ghi lại: "Bình xong nội nạn, hòa hợp nhân dân, trong nước yên ổn, chấn cử kỷ cương, mọi việc đều giao cho triều đường công luận, cẩn thận giữ gìn pháp độ, cho nên cái phúc nuôi dưỡng yên ổn hòa bình thật là dày lắm".
Nhà vua đã biết dùng người tài, loại người gian lận trong thi cử. Thư tịch ghi lại: Năm 1623 có mở cuộc thi đình, có người mới đỗ tiến sĩ là Nguyễn Trật nhưng trong kỳ thi hội trước đó đã mượn người thi mà đỗ, Vua cũng không cho xướng danh và ban cho thứ bậc. Năm 1628, lại tổ chức thi hội và thi đình, chọn được một số tiến sĩ, trong đó có Giang Văn Minh, về sau là nhà ngoại giao xuất sắc. Năm 1631 lại mở cuộc thi hội, thi đình. Có người tố cáo Nguyễn Văn Quang thiếu điểm mà vẫn trúng tuyển, Vua bèn bỏ tên đi. Năm 1634, 1637, 1643 lại thi tuyển tiến sĩ. Vào thời Lê Thần Tông có nhiều cuộc thi tuyển nhân tài khá công bằng hơn nhiều thời vua khác.
Lịch sử sẽ còn phán xét…dài dài về ông Vua này: nhu nhược hay khôn khéo? Chỉ biết rằng các Chúa Trịnh đưa ông lên làm vua, lại chọn 4 người con ruột của ông làm vua kế tiếp, giữ kỷ lục là người có nhiều con ruột làm vua nhất trong lịch sử nước ta. Cũng chính cách xử thế của ông mà khi đã cởi Hoàng bào làm Thái Thượng Hoàng rồi, mà vẫn phải lên ngôi lần nữa. Cũng là người duy nhất có số làm vua đến hai lần trong lịch sử Việt Nam.