Trong hai cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông lần thứ nhất và thứ hai, triều đình nhà Trần cùng quân dân đều phải rút khỏi kinh thành Thăng Long nhưng cuối cùng đều giành được chiến thắng. Đó là điều tương đối bất thường trong bối cảnh lịch sử thời trung đại. Hầu hết những quốc gia để mất kinh đô trong chiến tranh khó mà đảo ngược tình thế. Tuy nhiên đối với Đại Việt lại là ngoại lệ vì chúng ta có những hoàn cảnh đặc trưng và có phương thức tiến hành chiến tranh đặc trưng.
Việc di tản khỏi kinh đô của Đại Việt hẳn không phải là một cuộc rút chạy đơn thuần, mà là một phần quan trọng của kế sách “Vườn không nhà trống”. Thăng Long đúng nghĩa một tòa thành trống rỗng sau khi quân ta rút đi. Lương thực không có, nhân dân cũng di tản. Điều này khiến cho việc chiếm được kinh đô của Đại Việt không mang nhiều ý nghĩa chiến lược đối với quân Nguyên nữa. Người Việt bấy giờ đã quen với việc chiến đấu mà không có kinh đô. Đầu não của quân Đại Việt có thể di chuyển khắp nơi trong nước nhờ vào sự chuẩn bị tốt, thuyền bè cơ động nhanh.
Vua Trần sau khi rút khỏi Thăng Long thì cho phần lớn quan quân và triều đình dong thuyền rút thẳng về Thiên Trường. Dọc sông Hồng, quân Đại Việt bố trí hàng loạt cứ điểm phòng ngự để cắt đuôi quân Nguyên. Thoát Hoan hạ được thành Thăng Long rồi, cùng Ô Mã Nhi thống lĩnh thủy quân ráo riết đuổi theo vua Trần. A Bát Xích tiến sau, chưa kịp vào thành Thăng Long đã nhận lệnh cho bộ quân tiến theo dọc sông Hồng về nam để phối hợp. Truy binh quân Nguyên hai đạo thủy bộ hùng hổ đuổi theo vua Trần.
Ô Mã Nhi cho quân bắn thư sang quân ta đe dọa vua Trần: “Ngươi chạy lên trời ta theo lên trời, ngươi chạy xuống đất ta theo xuống đất, ngươi trốn lên núi ta theo lên núi, ngươi lặn xuống nước ta theo xuống nước” (theo Thiên Nam hành ký – Từ Minh Thiên). Ấy là do Ô Mã Nhi cho rằng lần này hắn đã có thủy quân mạnh, thuyền bè nhiều nên có thể dễ dàng tung hoành trên khắp lãnh thổ Đại Việt chứ không giống như lần xâm lược trước. Tuy nhiên, viên tướng thủy quân Nguyên Mông không thể đắc chí được lâu.
Tại các căn cứ Cảm Nam (phía nam Thăng Long, chưa rõ vị trí), Hàm Tử (thuộc Khoái Châu, Hưng Yên ngày nay) quân ta đã bố trí hai chốt chặn hậu, tạo điều kiện cho vua Trần và đầu não triều đình rút lui. Thoát Hoan cho rằng vua Trần ở Cảm Nam, đích thân đem quân đánh vào đấy, lại lệnh cho A Bát Xích dẫn bộ binh đánh vào Hàm Tử. Vượt qua được Cảm Nam và Hàm Tử, quân Nguyên tiếp tục đuổi xuống phía nam thì gặp phải chốt chặn ở Hải Thị (ngã ba sông Luộc, ranh giới tỉnh Hưng Yên và Thái Bình ngày nay). Khi quân Nguyên vượt qua được Hải Thị thì đại quân và triều đình Đại Việt đã đi xa. Thoát Hoan, Ô Mã Nhi, A Bát Xích chia quân lùng sục khắp vùng Thiên Trường (thuộc Nam Định ngày nay), Long Hưng (Thái Bình ngày nay) để tìm kiếm tung tích vua Trần.
Không tìm thấy đầu não quân ta, Ô Mã Nhi tức tối sai quân tàn phá Chiêu lăng, là lăng mộ vua Trần Thái Tông ở phủ Long Hưng. Quân Nguyên đào bới, tìm mãi chẳng thấy quách của vua Trần Thái Tông, chỉ đập phá công trình rồi rút đi. Giặc vừa truy lùng vua Trần vừa cướp bóc, giết chóc khắp nơi. Chúng đốt phá các điền trang, thái ấp, làng mạc dọc đường tiến quân, một dãi giang sơn xơ xác tiêu điều. Các tướng lĩnh Nguyên Mông rất căm tức quân dân ta đã đánh bại chúng lần trước nên không bỏ qua cơ hội nào để trút hận thù lên muôn dân. Cuộc chiến do đó mang nặng màu sắc diệt chủng.
 |
| Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn. |
Chính trong sử sách nước Nguyên cũng phải ghi nhận việc làm của quân giặc “đốt phá chùa chiền, đào bới lăng mộ, cướp giết người già trẻ con, tàn phá sản nghiệp trăm họ, không điều gì là không làm” (Thiên Nam Hành Ký – Từ Minh Thiên). Về phía nhân dân Đại Việt, chúng ta đã giảm thiểu được những thiệt hại nhân mạng nhờ vào kế vườn không nhà trống, đã có chuẩn bị từ trước, cố gắng di tản khỏi những điểm nóng của cuộc chiến tranh, thực hiện “vườn không nhà trống”. Tuy nhiên, vẫn không thể tránh khỏi những tang thương, mất mát nhất định. Quân Nguyên càng giết chóc, tàn phá nhiều càng hun đúc chí căm thù cho quân dân ta. Từ triều đình, quan quân đến dân chúng ai nấy đều căm phẫn khi hay tin Ô Mã Nhi phá hoại lăng tẩm hoàng gia và tàn hại trăm họ, chỉ chực chờ cơ hội xả thân báo thù.
Thoát Hoan được tin vua Trần đóng ở cửa biển Giao Thủy ở Thiên Trường, bèn đem binh thuyền đuổi tới. Quân Nguyên đến đó thì hoàn toàn mất dấu vua Trần. Thoát Hoan chẳng biết vua Trần đã đi đâu mất đành phải rút quân về Thăng Long củng cố vùng chiếm đóng, sai A Bát Xích cùng Áo Lỗ Xích phụ trách chia quân đi tìm cướp lương thực nuôi quân. Ô Mã Nhi đem thuyền ra cửa An Bang đón thuyền lương của Trương Văn Hổ. Thoát Hoan đến giờ vẫn chưa hay biết là thuyền lương của Trương Văn Hổ đã bị tiêu diệt bởi Trần Khánh Dư từ tháng trước rồi. Như vậy là sau những hoạt động rầm rộ buổi đầu, quân Nguyên đã bắt đầu bước vào giai đoạn cạn kiệt dần lương thực.
Cuộc truy đuổi của quân Nguyên diễn ra từ ngày 2/2 đến ngày 6/2/1288. Tức là chỉ trong 4 ngày giặc vừa đánh hạ các cứ điểm chặn hậu vừa hành quân đuổi theo quân ta một đoạn đường dài từ Thăng Long đến cửa biển Giao Thủy. Điều đó chứng tỏ quân Nguyên lần này với lực lượng thủy quân hùng hậu đã có sức cơ động nhanh, sức chiến đấu trên chiến trường sông nước mạnh mẽ vượt bậc so với lần xâm lược trước. Nhưng điều đó là chưa đủ để cho quân xâm lược có thể thủ thắng. Đơn giản là hạm đội của Đại Việt còn có tốc độ hành quân nhanh hơn quân Nguyên. Khi Thoát Hoan đến cửa Giao Thủy, quân ta đã ra biển lớn và chia làm nhiều nhánh quân. Hưng Đạo vương đem một hạm đội ngược về hướng bắc, tản ra hoạt động khắp các lộ ven biển là Hồng, Khoái, Kiến Xương, Hải Đông…
Vua Trần Nhân Tông cùng Thượng hoàng Trần Thánh Tông đem một hạm đội vào Thanh Hóa. Nhờ có thuyền bè nhiều và nhanh nhẹn, quân Đại Việt có thể dễ dàng chia quân tùy thích để chốt giữ các đồn trại, một phần trong số đó là để đánh lạc hướng, làm nhiễu thông tin trinh sát của địch. Quân Nguyên do đó không biết chỗ nào là hư, chỗ nào là thực. Bấy giờ vua và Thượng hoàng ở Thanh Hóa ẩn giấu hình tích. Còn thủy quân ta dưới trướng Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn thì tích cực hoạt động ở ven biển đông bắc để quấy rối, thu hút sự chú ý của giặc, cố gắng kiểm soát lại những vùng giặc đã chiếm đóng nhưng không đủ binh lực để giữ. Thoát Hoan phát hiện quân ta hoạt động ở vùng Hải Đông, quả nhiên tập trung sự chú ý vào đấy đúng như kế hoạch của Hưng Đạo vương. Quân Nguyên đem quân đánh vào nhiều nơi.
Theo Nguyên sử ghi chép thì quân Nguyên thắng trận liên tục ở Cá Trầm, Cá Lê, Man San, Ngụy Trại (những địa danh chép theo Nguyên sử, không rõ vị trí cụ thể), nhưng thực chất những trận này toàn là đụng phải những lực lượng nghi binh của Hưng Đạo vương. Một nhánh quân Nguyên dưới trướng Tích Đô Nhi thực sự gặp phải quân chủ lực của Hưng Đạo vương ở gần Tháp Sơn (Đồ Sơn, Hải Phòng), lập tức bị quân ta đánh lui. Từ đây, bộ binh quân Nguyên co cụm dần về Thăng Long, Vạn Kiếp và tăng cường cướp bóc khắp nơi, đồng thời chờ đợi đoàn thủy quân của Ô Mã Nhi sẽ đón được thuyền lương mang về doanh trại.