Trước sự ảnh hưởng của dịch bệnh COVID-19, SEA Games 31 đứng trước nhiều thách thức khó có thể diễn ra theo đúng kế hoạch khi mọi thứ đang gặp phải trì trệ. Nhiều phương án đã được đưa ra trong đó phương án SEA Games có thể phải lùi thời điểm tổ chức vào nửa đầu năm 2022.
Tuy nhiên, theo thông tin từ Ủy ban Olympic Malaysia xác nhận việc hoãn SEA Games 31 tại Việt Nam: “Vì đại dịch COVID-19, sự kiện thể thao Sea Games 31, vốn được lên kế hoạch diễn ra tại Việt Nam từ ngày 21/11-2/12, sẽ được lùi sang năm 2022".
Theo kế hoạch ban đầu, SEA Games 31 sẽ diễn ra từ ngày 21/11 - 2/12/2021 tại Hà Nội và một số tỉnh, TP lân cận như Bắc Ninh, Hải Dương, Hải Phòng, Quảng Ninh, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, Hòa Bình, Vĩnh Phúc, Phú Thọ và Bắc Giang. Tại kỳ đại hội này, Việt Nam sẽ đăng cai tổ chức 40 môn thể thao với 520 nội dung thi đấu, trong đó 26 môn sẽ được tổ chức tại Hà Nội. Khu Liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình sẽ là nơi diễn ra các buổi lễ quan trọng của đại hội, gồm lễ khai mạc (21/11), lễ bế mạc (2/12) và hầu hết các môn thể thao Olympic trong chương trình thi đấu của đại hội. Về các môn thể thao mà các quốc gia khu vực Đông Nam Á đề xuất, Ban Tổ chức SEA Games 31 đã đưa thêm vào 4 môn thi đấu là: Bowling, E-sports, ba môn phối hợp và Jujitsu.
Trước đó, Phó Tổng cục trưởng phụ trách Tổng cục TDTT Trần Đức Phấn cho rằng, do điều kiện dịch bệnh, SEA Games có thể phải lùi thời điểm tổ chức vào nửa đầu năm 2022 và Bộ VHTT&DL đang chỉ đạo ngành TDTT cập nhật thông tin, nghiên cứu bối cảnh dịch bệnh, xin ý kiến các Bộ, ngành và địa phương đăng cai chính tổ chức SEA Games để báo cáo Chính phủ xem xét.