So với phương pháp truyền thống là phết tế bào tử cung lên lam kính một cách thủ công thì xét nghiệm PAP mới tỏ ra có ưu thế hơn hẳn. Do phụ thuộc vào kỹ thuật của người phết, nên nhược điểm của phương pháp truyền thống là mẫu phết không đều tay cho nên tại các vị trí mẫu phết dày thường gây khó quan sát cho kỹ thuật viên và nhà giải phẫu bệnh.
Một nhược điểm nữa là với những mẫu nhiều chất nhầy và tạp khuẩn thì có thể hạn chế bộc lộ rõ tế bào cổ tử cung. Các điểm này sẽ làm cho kết quả thu được kém chính xác hơn. Trong khi đó, phương pháp xét nghiệm Pap mới NOVAPREP PAP TEST, mẫu tế bào từ cổ tử cung được đưa vào lọ có chứa chất bảo quản đặc biệt.
Lọ có chứa các tế bào và chất bảo quản được gửi đến phòng xét nghiệm. Hệ thống Novacyt sẽ tự động xử lý mẫu phẩm và dàn đều trên lam kính sau khi đã loại bỏ chất nhầy và các tạp chất. Điều này hỗ trợ các nhà giải phẫu bệnh dễ quan sát và chẩn đoán hơn. Tiếp đến, mẫu sẽ được nhuộm và quan sát dưới kính hiển vi.
Với quy trình khép kín và các thao tác xử lý mẫu tự động hóa của hệ thống này sẽ đảm bảo an toàn hơn cho kỹ thuật viên khi không phải tiếp xúc trực tiếp với mẫu phẩm. Phương pháp này được gọi là kỹ thuật tế bào nhúng dịch hoặc xét nghiệm Pap nhúng dịch. Mẫu tế bào cổ tử cung này có thể lưu giữ trong chất bảo quản lâu hơn và dùng cho xét nghiệm HPV DNA khi cần thiết.