Phùng Khắc Khoan sinh năm 1528 tại làng Bùng, xã Phùng Xá, huyện Thạch Thất, tỉnh Hà Tây (nay thuộc thành phố Hà Nội). Tương truyền, ông là em cùng mẹ khác cha với trạng nguyên Nguyễn Bỉnh Khiêm. Thuở nhỏ, ông được cha rèn cặp, sau theo học Trạng nguyên Nguyễn Bỉnh Khiêm. Tuy nổi tiếng là người có văn tài, kiêm thông cả thuật số, nhưng ông không đi thi và không chịu ra làm quan cho triều Mạc.

Đầu đời vua Lê Trung Tông, ông theo Lê Bá Lỵ tham gia công cuộc phù Lê diệt Mạc. Năm Đinh Tỵ (1557), Phùng Khắc Khoan đỗ đầu khoa thi Hương ở Yên Định (Thanh Hóa) lúc 29 tuổi. Thái sư Trịnh Kiểm biết ông là người có mưu lược, có học thức uyên bác nên cho giữ chức Ký lục ở ngự dinh, trông coi quân dân bốn vệ và cho tham dự việc cơ mật.

Từ năm 1558 đến 1571 đời Lê Trung Tông, ông vâng mệnh đi các huyện chiêu dụ lưu dân về làm ăn như cũ. Khi về được thăng Cấp sự trung Binh khoa, rồi đổi sang Cấp sự trung bộ Lễ. Nhưng sau vì trái ý vua, ông bị giáng chức ra thành Nam, thuộc Nghệ An, ít lâu sau lại được triệu về. Năm Canh Thìn (1580) đời Lê Thế Tông, bắt đầu mở thi Hội ở Vạn Lại (Thanh Hóa), ông xin dự thi và đỗ Hoàng giáp, được thăng làm Đô cấp sự.

Năm 1582, ông xin từ quan về nhà riêng ở Vạn Lại và được vua cho. Song đến năm sau (1583) thì vời ông ra làm Hồng lô tự khanh. Năm 1585, đổi ông sang làm Hữu thị lang bộ Công, rồi cử làm Thừa chính sứ Thanh Hoa (tức Thanh Hóa). Theo bài tựa Ngôn chí thi tập do ông làm năm 1586 thì chức tước của ông lúc bấy giờ là: Công thần Kiệt tiết Tuyên lực, đặc ân Kim tử vinh lộc đại phu, làm chức Tán trị thừa chánh sứ ty các xứ Thanh Hoa.

Năm 1592, nhà Lê Trung hưng đánh đuổi được nhà Mạc, trở về kinh đô Thăng Long. Năm Đinh Dậu (1597), ông đang làm Tả thị lang bộ Công và đã 69 tuổi thì được cử làm Chánh sứ sang triều Minh. Về nước, ông được thăng làm Tả thị lang bộ Lại, tước Mai Lĩnh hầu. Năm 1599, vua Lê Kính Tông lên nối ngôi, Phùng Khắc Khoan được thăng làm Thượng thư bộ Công. Năm 1602, thăng ông làm Thượng thư bộ Hộ, tước Mai Quận công.

Ít lâu sau, ông xin về quê trí sĩ và nhiệt tình tham gia xây dựng làng xã. Đáng kể là việc ông đã tổ chức đào mương dẫn nước vào các cánh đồng quanh núi Thầy, đưa nước về tưới cho các cánh đồng Phùng Xá và Hoàng Xá. Phùng Khắc Khoan mất năm Quý Sửu (1613), thọ 85 tuổi, được truy tặng chức Thái phó.

Theo Lịch triều hiến chương loại chí thì trong chuyến đi sứ này ông còn đấu tranh bỏ được lệ cống người vàng cúi mặt của nhà Mạc trước đây. Lịch triều hiến chương loại chí ghi: "Khi đã đến Yên Ninh, Lễ bộ đường trách về việc người vàng ta đem cống không theo mẫu cũ làm cúi đầu, nên ngăn cản không cho sứ vào chầu. Ông cãi lại: "Nhà Mạc cướp ngôi, danh nghĩa là nghịch, nhà Lê khôi phục lại, danh nghĩa là thuận. Nhà Mạc dâng người vàng cúi đầu thay mình đã làm may mắn. Còn như nhà Lê bao đời làm công thần thì kiểu người vàng ngửa mặt, bao đời còn có. Nay lại bắt theo như lệ nhà Mạc thì lấy gì để khuyến khích chiêu an và trừng phạt?". Việc đến tai vua Minh, cuối cùng lại theo thể thức cũ của nhà Lê.

Khi ông về nước, chúa Trịnh Tùng kính trọng tài năng và khí phách của ông, gọi là Phùng tiên sinh. Dân gian gọi ông là Trạng nguyên, Trạng Bùng. Một phái đoàn do Đỗ Uông dẫn đầu đã lên tận Nam Quan để đón ông về nước. Vua Lê qua sông Cái đón ông về kinh đô.

Nhận xét về chuyến đi sứ năm 1597 của ông, nhà bác học Lê Quý Đôn đã viết trong Kiến văn tiểu lục như sau: Phùng Khắc Khoan phụng mệnh đi sứ, tuổi đã ngoài 70, không những biện bạch quang minh chính đại, đạo đạt được mệnh lệnh của vua, mà làm mạnh mẽ được thể thống trong nước. Đến như 70 vần thơ dâng mừng khánh tiết và hơn 10 vần thơ đáp lại Chánh phó sứ Triều Tiên tài tử chứa chan, cách điệu tươi đẹp y như lúc còn trẻ tuổi, như thế chả phải được tinh khí sông núi giúp đỡ đấy ư?

Người đời quý trọng Phùng Khắc Khoan, tôn vinh ông là Trạng Bùng, tức ông Trạng làng Bùng. Ông là một danh nhân kiệt xuất, để lại nhiều giai thoại trong dân gian, đến nay vẫn còn được truyền ngôn, đó chính là một vinh dự ít người có được. Và không chỉ người đời xưa mà cả người thời nay cũng đều kính phục ông là một danh nhân đặc biệt. Bởi ông thành danh ở nhiều lĩnh vực và là con người nhiệt tình xây dựng quê hương, quan tâm đến đời sống dân làng. Ông tổ chức đào mương dẫn nước ở các cánh đồng quanh núi Thầy, đưa nước về tưới cho các cánh đồng Phùng Xá, Hoàng Xá. Ông là người mang nghề dệt lụa cho dân làng Phùng Xá và đem giống bắp về vùng sông Đáy...

Từ một trí thức biết chọn đúng đường; từ một học trò tự học, được học các bậc danh nho biết xuất xử, tiến lui, công danh, tiết tháo đủ đầy; từ một người con bình dị, Phùng Khắc Khoan dần khẳng định mình nơi trung tâm quyền lực, làm rường cột quốc gia, trọng thần của triều đình trải mấy triều vua chúa, không chỉ lẫy lừng trong nước mà còn vang danh Bắc quốc, lân bang đủ cho thấy tài năng và đức độ của ông là hiếm có. Và thời gian thì vẫn cứ trôi đi, nhưng cuộc đời và sự nghiệp của Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan vẫn còn mãi trong lòng người dân đất Việt.