Dù nằm ngay cạnh nhau nhưng cả 3 hồ nước đều định kỳ thay đổi màu sắc, từ màu đỏ, nâu cho đến xanh lá cây và ngọc lam. Hiện tượng khác thường này kết hợp với màn sương dày đặc bao phủ núi lửa khiến Kelimutu mang một vẻ đẹp huyền ảo, kỳ bí. Thậm chí, người dân địa phương còn tin rằng linh hồn người chết tới an nghỉ tại một trong những hồ nước, tùy theo những việc họ làm khi còn sống. Cũng vì lý do đó nên mỗi hồ nước lại mang một tên gọi khác nhau.
Hồ đầu tiên là "Hồ của những người già", hồ thứ 2 là "Hồ của các thanh niên và trinh nữ", cuối cùng là "Hồ của những hồn ma ác độc". Tuy nhiên, các nhà khoa học lý giải rằng sự thay đổi màu sắc của 3 hồ nước là kết quả của các phản ứng hóa học mà hoạt động núi lửa gây ra.