Cụ Rùa Hồ Gươm nổi lên phơi nắng vào cuối năm 2014.

Trước đây đã có rất nhiều những tranh cãi xung quanh việc rùa Hồ Gươm là loài rùa nào, thuộc giống rùa nào, có phải là một loài mới hay không. Sau khi Cụ Rùa hay rùa Hồ Gươm tạ thế, vẫn có nhiều ý kiến trái chiều xung quanh vấn đề này.

Trong khi PGS.TS. Hà Đình Đức và một số nhà khoa học kiên quyết khẳng định rùa Hồ Gươm là một loài mới, không phải là loài rùa mai mềm Thượng Hải thì một số nhà khoa học trong và ngoài nước phản đối, yêu cầu phải có một sự nhìn nhận khách quan.

Tuy vậy, số nhà khoa học khẳng định rùa Hồ Gươm cùng loài với loài rùa mai mềm khổng lồ Thượng Hải chiếm đa số. Giám đốc Chương trình rùa châu Á, ông Douglas Hendrie, nhà khoa học nghiên cứu về rùa có tầm vóc quốc tế này đã làm các loại xét nghiệm cần thiết, kể cả làm xét nghiệm ADN và khẳng định rùa Hồ Gươm cùng loài với loài rùa Thượng Hải, có tên khoa học là Rafetus Swinhoei.

Chuyên gia bảo tồn quốc tế Peter Richard đồng thời cũng là một nhà khoa học hàng đầu thế giới về loài rùa Rafetus Swinhoei, cũng có chung kết luận như ông Douglas Hendrie.

Tim McCormack, chuyên gia người Anh thuộc Chương trình bảo tồn rùa châu Á, người đã cộng tác với nhà khoa học Peter Richard cũng khẳng định rùa Hồ Gươm là loài rùa nước ngọt khổng lồ cực hiếm trên thế giới, cùng loài với loài rùa mai mềm ở Thượng Hải.

Về phía các nhà khoa học trong nước, Thạc sĩ Nguyễn Quảng Trường thuộc Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật, Viện khoa học và Công nghệ Việt Nam qua sự nghiên cứu khoa học kỹ lưỡng, cẩn trọng cũng đi đến kết luận rùa Hồ Gươm không phải là một loài mới mà thuộc loài rùa mai mềm Thượng Hải.

Như vậy, qua những nghiên cứu và kết luận của một số nhà khoa học hàng đầu thế giới và trong nước có thể thấy rùa Hồ Gươm là loài rùa mai mềm Thượng Hải, có tên khoa học là Rafetus Swinhoei.

Rùa mai mềm Thượng Hải hay giải Thượng Hải có thể là loài rùa nước ngọt lớn nhất trên thế giới. Loài rùa này được liệt vào danh sách cực kỳ nguy cấp trong sách đỏ IUCN năm 2006 và là một trong những loài rùa hiếm nhất trên thế giới. Hiện chỉ mới phát hiện 4 cá thể còn sống trên thế giới, trong đó có một cá thể sống ở Hồ Gươm.

Tuy nhiên, rùa Hồ Gươm được đề nghị coi là một loài riêng có danh pháp khoa học là Rafetus leloii hay Rafetus vietnamensis. thuộc họ Ba ba (Trionychidae) trong bộ Rùa (Testudines), lớp Sauropsida (Mặt thằn lằn). Mặc dù vậy các tác giả Farkas B. và Webb R.G. cho rằng danh pháp R. leloii là một đơn vị phân loại không hợp lệ và chỉ là từ đồng nghĩa muộn của R. swinhoei.

Rùa Hồ Gươm có kích thước khá lớn, đầu tương đối nhỏ và rộng, mõm ngắn, tròn, vòi rất ngắn, lưng màu vàng lục có những đốm vàng, yếm bụng màu trắng nhạt. Mai rùa mềm chứ không cứng như loài rùa thông thường.

Rùa Hồ Gươm chậm chạp, hiền lành, thường sống ở những sông hồ sâu, nước chảy yếu. Khi trời nóng thường hay ngóc cổ lên khỏi mặt nước để thở. Mùa đông thỉnh thoảng phơi nắng.

Chiếu theo những đặc điểm miêu tả của loài Rafetus swinhoei, kích thước của loài có thể dài trên 1m, rộng trên 70cm và cân nặng khoảng 120–140kg. Mai của chúng có thể dài và rộng trên 50cm. Đầu dài trên 20cm và rộng trên10 cm. Con đực nói chung nhỏ hơn con cái nhưng có đuôi to và dài hơn. Thức ăn của loài rùa này bao gồm cá, cua, ốc, bèo lục bình, ếch nhái và lá cây.

Rùa Hồ Gươm hay Cụ Rùa Hồ Gươm đã qua đời ngày 19/1/2016. Hiện xác Cụ Rùa được chuyển về Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam (Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam) để nghiên cứu và bảo quản.