Theo cáo trạng truy tố, từ năm 2002 - 2013, do buông lỏng công tác quản lý Nhà nước về lĩnh vực đất đai tại địa bàn xã Đồng Tâm, các bị can Nguyễn Văn Bột, Nguyễn Văn Sơn và Lê Đình Thuần đều nguyên Chủ tịch UBND xã Đồng Tâm; Nguyễn Xuân Trường - nguyên cán bộ địa chính xã cùng Nguyễn Tiến Triển - nguyên bí thư Đảng ủy xã và một số cán bộ nguyên là chủ chốt của xã vì động cơ vụ lợi đã thực hiện việc cấp giao đất trái thẩm quyền, hợp thức đất lấn chiếm cho một số hộ dân trái quy định.

Trong đó, Nguyễn Văn Sơn đã giao đất trái thẩm quyền, sai đối tượng cho 29 hộ dân với tổng diện tích 2.638m2 và thu số tiền vụ lợi hơn 1,5 tỷ đồng.

Đối với bị can Lê Đình Thuần, năm 2008 bị can này đã trực tiếp ký Biên bản hội nghị thống nhất cấp quyền sử dụng đất giãn dân được hợp thức vào ngày 10/12/2002. Trên bản đồ đất thổ cư năm 2003 đứng tên Lê Đình Toản và đến năm 2009 đứng tên vợ là Nguyễn Thị Thúy với diện tích 100m2.

Ngoài ra, bị can này còn lập hồ sơ ký xác nhận hợp thức cho 12 hộ dân đề nghị cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Mặc dù đất có nguồn gốc là đất nông nghiệp thuê thầu, đất lấn chiếm, đất giao trái thẩm quyền, sai đối tượng vào khoảng năm 2002 - 2003 nhưng bị can Thuần vẫn ký xác nhận hồ sơ có nguồn gốc đất sử dụng hợp pháp trước ngày 15/10/1993 với tổng diện tích 1.844m2. rồi đề nghị UBND huyện Mỹ Đức ra quyết định cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trái quy định.

Nguyễn Xuân Trường, được xác định đã cùng bị can Bột và Sơn cấp, bán đất và giao đất trái thẩm quyền cho 9 hộ với tổng diện tích hơn 1.652m2 rồi thu số tiền vụ lợi 21 triệu đồng. Bị can Trường còn bị cáo buộc đã cấp giao đất cho 11 hộ không đúng đối tượng với tổng diện tích 1.285m2; giao đất sai đối tượng cho 29 hộ dân với tổng diện tích 2.638m2 thu số tiền vụ lợi hơn 1,5 tỷ đồng; hợp thức đất lấn chiếm cho 2 hộ dân với tổng diện tích 552m2.

Đối với bị can Nguyễn Tiến Triển, bị cáo buộc đã đồng ý với chủ trương của UBND xã về việc chia đất cho 10 cán bộ UBND xã trái quy định với tổng diện tích 1.208m2. Bị can Triển còn bị quy kết đã đồng ý chủ trương và kế hoạch của UBND xã trong việc tổ chức cho các hộ dân đấu thầu đất theo Quyết định 883 ngày 31/12/2003 của UBND huyện Mỹ Đức dẫn đến 29 hộ trúng thầu sai đối tượng và thu số tiền vụ lợi cho xã hơn 1,5 tỷ đồng.

Mỗi cán bộ nói trên mỗi người được hưởng lợi hai suất đất với tổng diện tích từ hơn 260 - 334m2 mà không phải nộp tiền sử dụng đất theo quy định.

Đối với các bị can nguyên cán bộ văn phòng đăng ký đất đai và Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Mỹ Đức, bị cáo buộc không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao, thiếu trách nhiệm trong việc thẩm định, thẩm tra nguồn gốc đất dẫn đến việc ký nhận không có cơ sở. Trong đó, các bị cáo Đinh Văn Dũng gây thiệt hại số tiền gần 660 triệu đồng, bị cáo Trần Trung Tấn gây thiệt hại hơn 1 tỷ đồng, bị cáo Bạch Văn Đông gây thiệt hại hơn 584 triệu đồng và Phạm Hữu Sách gây thiệt hại hơn 1,2 tỷ đồng.