Việc thanh tra này diễn ra sau sự việc bảo mẫu chùa Bồ Đề bị cơ quan công an tạm giữ về tội buôn bán trẻ em. UBND quận Long Biên cũng đã chủ động mời đại diện của các Sở, ban, ngành gồm: Sở LĐ-TB&XH, Sở Tư pháp, Hội Phụ nữ, Mặt trận Tổ quốc TP Hà Nội tham gia cùng đoàn.
Đoàn thanh tra chia thành 5 tổ công tác để triển khai các nội dung liên quan đến các vấn đề như: thủ tục pháp lý, điều kiện cơ sở vật chất, kiểm tra các đối tượng thuộc diện bảo trợ xã hội. Dự kiến việc thanh tra sẽ kéo dài trong 1 tuần.
Sau khi có kết quả điều tra, hai đoàn sẽ có những phương án, kiến nghị về đối sách với những cháu nhỏ mồ côi, lang thang cơ nhỡ tại chùa Bồ Đề hoặc giao cho các cơ quan chức năng quản lý.
Cuối năm 2013, ngôi chùa này cũng được các cơ quan chức năng thanh tra, vào thời điểm đó đoàn kiểm tra cũng từng đề xuất việc giao các trẻ mồ côi tại chùa Bồ Đề cho một đơn vị bảo trợ quản lý vì nhà chùa không đủ điều kiện nuôi giữ trẻ.