Vào khoảng 14h4 phút ngày 28/7, tàu SE11 với đầu máy kéo theo 12 toa xe di chuyển hướng Bắc-Nam, từ Hà Nội vào TP HCM khi đến ga Lăng Cô tránh tàu SE4, sau khi có đường và chạy đến ghi N10 thì tàu SE11 bị trật bánh 2 toa xe 11725, 31591 nằm vị trí thứ 10, 11 trong đoàn tàu. Trong đó, toa 11725 bị trật bánh 4 trục và nghiêng 45 độ phía bên trái theo hướng tàu chạy; toa 31591 bị trật bánh 4 trục.
Điều độ chạy tàu lập tức phát lệnh phong tỏa khu gian Lăng Cô - Hải Vân Bắc lúc 14h23 phút và tổ chức cứu viện. Ngành đường sắt đã cắt 4 toa tàu bị ảnh hưởng do sự cố trên để tiến hành cứu hộ, còn đoàn tàu vẫn tiếp tục khởi hành chở hành khách vào Đà Nẵng.
Lãnh đạo Công ty Cổ phần Đường sắt Bình Trị Thiên cho biết, sau khi xảy ra sự cố tàu SE11 bị trật bánh 2 toa xe tại Lăng Cô, tỉnh Thừa Thiên Huế) các đơn vị ngành đường sắt và các bên liên quan đã tập trung nỗ lực khắc phục sự cố và đã sớm thông tuyến trở lại. Hiện nay, đường sắt Bắc-Nam đoạn qua xảy ra sự cố đã thông tuyến trở lại với tốc độ chạy tàu 5 km/h.