Bộ GD-ĐT cho biết, kể từ khi thực hiện Nghị quyết 77 của Chính phủ ngày 24/10/2014 về thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập, đến nay đã có 23 trường đại học tự chủ.
Nhìn chung, các trường đã có sự phát triển, chuyển biến tích cực theo hướng nâng cao năng lực tự chủ, đảm bảo chất lượng, chủ động trong trong tái cấu trúc bộ máy, giảm bớt thủ tục hành chính.
Đặc biệt, các trường đảm bảo được toàn bộ chi thường xuyên và trích lập được các quỹ nhờ việc được tự chủ học phí và tăng quy mô đào tạo các chương trình chất lượng cao. Thu nhập của người lao động tăng lên so với giai đoạn trước khi tự chủ.
Tuy nhiên, Bộ GD-ĐT cũng nhìn nhận việc thực hiện tự chủ còn nhiều tồn tại, vướng mắc.
Cụ thể, một số trường chưa hoàn thiện cơ cấu tổ chức của nhà trường theo quy định, chưa ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng trường. Hình thức hoạt động của hội đồng trường chủ yếu bằng các cuộc họp, vai trò giám mờ nhạt, nguồn kinh phí cho hoạt động của hội phụ thuộc vào kinh phí của nhà trường do Hiệu trưởng quyết định.
Thu từ học phí, lệ phí vẫn là nguồn thu chính cuả trường tự chủ khi chiếm trên 70% tổng thu là rất rủi ro, nguồn thu phụ thuộc nhiều vào tình hình tuyển sinh.
Ngoài ra, các trường chưa được hướng dẫn về chính sách miễn giảm thuế lãi tiền gửi ngân hàng, các hoạt động đào tạo ngắn hạn… Việc phê duyệt chủ trương và các thủ tục đầu tư vẫn phải trình đơn vị chủ quản theo quy định của Luật Đầu tư công và Luật Đấu thầu.
Trong khi đó cơ chế "cơ quan chủ quản" thể hiện sự can thiệp của cơ quan quản lý vĩ mô vào các vấn đề tự chủ, đặc biệt là bộ máy tổ chức, nhân sự và đầu tư của nhà trường.
Dù Nghị quyết đặt ra với tinh thần chủ đạo là tăng cường vai trò của Hội đồng trường và giảm mạnh sự can thiệp của bộ chủ quản nhưng chưa thực hiện được.
Hiện tại Bộ Giáo dục đã chủ động yêu cầu 3 trường đại học gồm Trường ĐH Kinh tế quốc dân, Trường ĐH Kinh tế TP.HCM và Trường ĐH Bách khoa Hà Nội xây dựng đề án không trực thuộc cơ quan chủ quản Bộ GD-ĐT, trình Bộ để báo cáo Chính phủ phê duyệt.
Bộ cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo sớm ban hành Nghị định về tự chủ đại học thay thế cho Nghị quyết số 77/NQ-CP của Chính phủ để đẩy mạnh hơn nữa việc tự chủ, trách nhiệm giải trình về thực hiện hoạt động đào tạo, khoa học công nghệ, tổ chức bộ máy, nhân sự và tài chính.
Nghị định mới sẽ quy định cơ chế tự chủ về thực hiện hoạt động đào tạo, khoa học công nghệ, tổ chức bộ máy, nhân sự và tài chính của cơ sở giáo dục đại học công lập, Các đại học vùng, đại học quốc gia, Trường ĐH Việt Đức, Trường ĐH Khoa học và Công nghệ Hà Nội…