Cuối năm 1788, lợi dụng hành động rước voi giày mả tổ của vua tôi Lê Chiêu Thống, nhà Thanh phái Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị mang 290.000 quân xâm lược nước ta.
Nhận được tin, Quang Trung - Nguyễn Huệ lập tức lên ngôi hoàng đế ở núi Bân (Huế), kéo quân ra Bắc diệt giặc. Chiến thắng Ngọc Hồi - Đống Đa vào Tết Kỷ Dậu 1789 khiến Lê Chiêu Thống rơi vào bước đường cùng, không còn cơ hội trở về quê hương.
Vua không ra vua
Sau khi lật đổ họ Trịnh, anh em Tây Sơn giúp Lê Duy Khiêm (Lê Chiêu Thống) được kế vị. Tuy vậy, Chiêu Thống không đủ uy tín và tài năng để cai quản đất nước.
Nguyễn Huệ vào Nam, Bắc Hà rơi vào loạn lạc, Lê Chiêu Thống phải dựa vào thế lực của Đinh Tích Nhưỡng và Nguyễn Hữu Chỉnh. Khi Nguyễn Hữu Chỉnh bị Vũ Văn Nhậm diệt, Lê Chiêu Thống bỏ chạy sang Quảng Tây (Trung Quốc) cầu cứu nhà Thanh.
Quân Thanh do Tôn Sỹ Nghị cầm đầu gấp rút kéo sang nước ta, thực hiện mưu đồ đen tối. Ngay khi vào Thăng Long, chúng chẳng coi Lê Chiêu Thống ra gì.
Theo sách "Hoàng Lê nhất thống chí", Lê Chiêu Thống hàng ngày ngày vào chầu chực ở bản doanh của Tôn Sỹ Nghị để nghe lời sai bảo.
“Ngày ngày sau buổi chầu, vua lại tới chờ ở bản doanh của Nghị để nghe truyền việc quân, việc nước. Vua cưỡi ngựa đi trước, Lê Quýnh cưỡi ngựa đi sau, quân lính hộ vệ chỉ vài chục người. Người trong kinh có kẻ không biết là vua. Có người biết, thì họ nói riêng với nhau rằng: Nước Nam ta từ khi có đế, có vương tới nay, chưa bao giờ có ông vua luồn cúi đê hèn như thế. Việc gì cũng do viên tổng đốc người Mãn quyết định, có khác gì phụ thuộc”, trích sách trên.
Có hôm, vua tới yết kiến, Tôn Sĩ Nghị không tiếp, chỉ cho người truyền bảo: “Hôm nay không có việc quân, việc nước gì. Hãy về cung yên nghỉ”.
Khi quân Thanh đại bại, Lê Chiêu Thống cùng gia quyến và các bề tôi trung thành lại chạy theo sang Trung Quốc, hy vọng cầu viện nhà Thanh một lần nữa. Nhưng lúc này, tình hình đã khác. Nơi đất khách quê người, ông vua bán nước bị đối xử tệ bạc.
Số phận bi thảm của ông vua mất nước
Sau những trận thua tan tác ở Ngọc Hồi, Khương Thượng, Đống Đa, quân Thanh khiếp sợ vua Quang Trung và quân Tây Sơn. Mặt khác, vua Quang Trung cũng tìm cách hòa hiếu với kẻ thù để giữ yên bờ cõi.
Viên đại thần quốc thích nhà Thanh là Phúc Khang An giả vờ bảo Lê Chiêu Thống: “Ngày xuất quân không còn xa, vương nên tự mình đem tả hữu liều thuộc làm quân dẫn đường đi trước. Nhưng bây giờ nên gọt đầu cắt tóc, thay đổi quần áo giống người Thanh, để không thể phân biệt được, công lớn mới có thể thành. Sau khi khôi phục nước nhà, bấy giờ sẽ lại theo như tục cũ. Việc binh không ngại dùng cách xảo trá, vương nên nghĩ tới chỗ đó.”
Lê Chiêu Thống tưởng thật, vâng lệnh gọt tóc theo kiểu người Thanh ngay, còn nói: “Chúng tôi không giữ được nước nhà, may nhờ thiên triều cứu viện, dù cả nước phải ăn mặc như vậy cũng xin vâng lệnh. Việc ấy còn có tiếc gì?”.
Khang An bèn làm tờ biểu kín tâu với vua Thanh nói rằng vua An Nam không còn ý xin cứu viện nữa. Vua tôi đều đã cắt tóc đổi đồ mặc, xin ở lại yên ổn, xin bãi bỏ các đạo quân định đưa sang đánh dẹp phương Nam. Nịnh thần Hoà Thân cũng nhân dịp tâu xin phong vương cho vua Quang Trung. Càn Long lập tức chuẩn y.
Lừa được Chiêu Thống, Khang An còn làm nhục ông vua lưu vong bằng cách bố trí cho chạm trán phái đoàn sứ bộ của Quang Trung sang thăm nhà Thanh năm 1790.
Tận mắt chứng kiến cách đối đãi rất hậu của vua Càn Long dành cho phái đoàn sứ bộ của vua Quang Trung, Lê Chiêu Thống rất tức tối nhưng không làm gì được.
Trong thời gian ở Yên Kinh, Lê Chiêu Thống tiếp tục dâng biểu xin nhà Thanh cho viện binh về nước khôi phục nhà Lê. Nếu không được thì cũng cho mượn 2 châu Tuyên Quang, Hưng Hóa để xây dựng lực lượng, hoặc lẻn vào Gia Định cầu viện Nguyễn Ánh. Quan nhà Thanh luôn tìm cách dối quanh để khất lần. Có lúc, chúng bảo cho mượn đất Khâm Châu (Quảng Đông), có lúc bảo cho về Tuyên Quang.
Bấy giờ, một người con của vua Càn Long biết hoàn cảnh của vua tôi Lê Chiêu Thống, có ý thương xót, liền nhờ Hòa Thân nói tốt cho trước mặt Càn Long.
Hòa Thân tâu lại với vua, hoàng tử này bị đánh đòn, sinh bệnh mà chết. Từ đấy, vua Lê không còn dám nói đến việc xin quân cứu viện nữa, trong lòng uất ức khôn nguôi.
Mùa hè năm Nhâm Tý (1792), con đầu của vua Lê Chiêu Thống bị bệnh đậu qua đời. Vua Lê lo buồn sinh bệnh, thoi thóp nằm liệt không dậy được. Năm sau, bệnh nhà vua càng nguy kịch. Ông qua đời khi mới 28 tuổi, kết thúc cuộc đời bi kịch, nhục nhã của vua bán nước “cõng rắn cắn gà nhà”.
Sau khi nhà Tây Sơn sụp đổ, Nguyễn Ánh lên ngôi, nhà Thanh cho Lê Quýnh cùng các quan tòng vong được đưa di hài Lê Chiêu Thống về táng ở quê nhà và cho các bề tôi trốn theo được về nước.
Khi di hài vua Lê được đưa về đến Thăng Long, các quan thay hài cốt sang chiếc tiểu khác rồi táng ở lăng Bàn Thạch (Thọ Xuân - Thanh Hóa).