Một trong những bí ẩn đó chính là phong thủy cũng như địa thế của Tử Cấm Thành. Nhiều kiến trúc sư cũng như các thầy phong thủy đã vào cuộc nghiên cứu chi tiết các vấn đề phong thủy xoay quanh Tử Cấm Thành.
Một trong những nguyên tắc phong thủy quan trọng được sử dụng trong kiến trúc là '"Núi ôm, nước bọc". Tử Cấm Thành lại có địa thế rất đẹp khi quay lưng vào núi Yên Sơn, trước mặt nhìn ra biển Bột Hải ở phía Đông.
Tử Cấm Thành được xây dựng theo trục Nam - Bắc và bố trí một cách đối xứng. Hầu hết các tòa nhà trong thành được xây dựng bằng gỗ và được nâng đỡ trên một bề mặt bằng đá.
Bên cạnh đó, tất cả các tòa nhà trong Tử Cấm Thành đều được quay mặt về hướng Nam vì hướng Nam tiên thiên Bát quái là hướng Càn (quẻ Càn tượng trưng cho Trời). Vì vậy hẳn nhiên, hướng Nam được coi là điềm lành cho hoàng đế.
Các tòa nhà cũng được xây dựng để đạt được sự cân bằng tối đa giữa âm và dương. Ví dụ, Hoàng đế cư trú tại Càn Thanh Cung tượng trưng cho dương và đặt ở phương Nam đối xứng với Hoàng hậu sống trong Khôn Ninh Cung đặt ở phương Bắc tượng trưng cho âm.
Đặc biệt, về việc dùng số, số 9 được coi là một con số rất tốt và được sử dụng thường xuyên trong việc ứng dụng phong thủy của Tử Cấm Thành. Tổng cộng Tử Cấm Thành có 9999 phòng. Ngoài ra, các tòa nhà quan trọng nhất phải có đến 9 con vật bảo vệ ngồi mỗi góc.
Màu sắc cũng làm tôn lên quyền lực của hoàng đế. Ví dụ, một số mái của các tòa nhà cung đình được lợp bằng ngói màu vàng. Màu vàng liên quan đến quyền lực và Trái đất, được sử dụng để tượng trưng cho vị trí của hoàng đế ở trung tâm. Tuy nhiên, mái của Thư viện Hoàng gia thì sử dụng ngói đen, màu của hành Thủy để bảo vệ kho lưu trữ thư viện khỏi nguy cơ hỏa hoạn.
Về phong cách trang trí, nhiều mái nhà chạm khắc rồng, sư tử và các con vật khác trên đỉnh của mái dốc để tượng trưng cho sự bảo vệ và cũng là để chống lại hỏa hoạn. Rồng là biểu tượng của quyền lực Hoàng gia. Trong khi đó, các cặp sư tử là biểu tượng của sự bảo vệ, canh gác lối vào tất cả các sảnh chính trong thành phố.
Ngoài ra, sàn nhà sẽ được trải bằng những tấm thảm màu vàng rực rỡ. Người ta tin rằng, để cai trị đất nước hiệu quả và phát huy quyền lực tối cao, Hoàng đế phải ngồi ở trung tâm cung điện và đối diện với hướng tốt nhất của mình.
Lối đi Hoàng gia là dài và rộng nhất, dài hơn 16 mét, được làm từ đá cẩm thạch, nặng hơn 200 tấn, được trang trí lộng lẫy thể hiện khí dương của Rồng và khí âm của Phượng hoàng.
Cầu thang cùng lối đi Hoàng gia cũng được thiết kế dưới hình thù nước và gió dưới dạng những đám mây. Lối đi này được sử dụng khi hoàng đế ngồi trên kiệu…
Đương nhiên quy mô Tử Cấm Thành quá kỳ vĩ nên ngay cả các chuyên gia vẫn chưa thể hiểu hết những bí mật phong thủy của nó. Dù vậy, đây rõ ràng là một minh chứng trực quan về ứng dụng của phong thủy từ thời phong kiến.
Hiện nay, các kiến trúc sư vẫn đang khám phá chi tiết cũng như phân tích sâu hơn về phong thủy trong thiết kế của Tử Cấm Thành và áp dụng vào kiến trúc hiện đại.