Trần Thủ Độ là nhân vật đặc biệt trong lịch sử nước ta khi là người có vai trò to lớn trong việc chuyển giao ngai vàng từ họ Lý sang họ Trần. Tranh cãi về các hành động của Trần Thủ Độ trong lịch sử rất lớn nhưng đến giờ, đa phần đều phải thừa nhận ông là người có công lớn trong việc giúp đất nước giữ vững nền độc lập. Hành động, lời nói của Trần Thủ Độ đều được ghi lại khá rõ trong lịch sử nhưng thân thế của ông lại không được sử ghi chép nhiều.
Những gì mà các bộ chính sử như Đại Việt sử ký toàn thư hay Khâm Định Việt sử thông giám cương mục ghi lại chỉ cho biết Trần Thủ Độ là em họ của Thái Tổ Trần Thừa và khiến đời sau tin rằng Trần Thủ Độ đương nhiên là cháu nội của Trần Háp (hay Trần Hấp). Gần đây, có tài liệu cho rằng thân sinh Trần Thủ Độ là Trần Hoằng Nghị nhưng đã bị hậu duệ họ Trần phản ứng dữ dội vì cho rằng Trần Hoằng Nghị là nhân vật không có thật.
Theo trang web của gia tộc họ Trần (donghotrannguyenhan) thì Trần Hấp không phải là ông nội của Trần Thủ Độ mà Trần Hấp là anh ruột của Trần Tự Duy và Trần Tự Duy mới là ông nội của Trần Thủ Độ. Cụ thể, Trần Hấp ở đất Thái Đường sinh ra Trần Lý. Trần Lý lại sinh ra các con Trần Thừa, Trần Tự Khánh, Trần Thị Dung, Trần Thị Tam Nương.
Người em là Trần Tự Duy ở đất Lưu Xá bên cạnh (nay là thôn Lưu Xá, xã Canh Tân, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình) sinh ra Trần Thủ Huy, Trần Thủ Huy lại sinh ra Trần Thẩm (tước An Quốc Vương) và Trần Thủ Độ. Như vậy nếu xét từ đời Trần Tự Kinh thì Trần Tự Hấp thuộc cành trưởng, Trần Tự Duy thuộc cành thứ. Đến đời Trần Thừa và Trần Thủ Độ là quan hệ anh em nhưng khác cành hay nói cách khác là anh em chung cụ nội (Trần Kinh) chứ không phải chung ông nội Trần Hấp.
Trang web của gia tộc cũng dẫn câu chuyện trong cuốn "Phật hoàng Trần Nhân Tông, tác giả Trần Trương, nxb Văn hóa - Thông tin 2009" để đưa ra thông tin: "Trần Thủ Huy vốn là một trang nam nhi tuấn tú và dũng mãnh. Gặp người bị nạn, Thủ Huy đã ra tay cứu giúp. Không ngờ người đó lại là vị thái tử nhà Lý tên là Lý Long Xưởng. Thái tử mang ơn kết tình huynh đệ với Thủ Huy. Thủ Huy giúp Lý Long Xưởng dẹp loạn trừ gian trong hoàng tộc nhà Lý nên được vua gả công chúa Đoan Nghi, trở thành phò mã có quyền, có chức trong triều đình".
Tháng 9 năm Giáp Ngọ (1174), Thái tử Lý Long Xưởng phạm tội với vua cha là Lý Anh Tông, bị vua cha phế truất làm thứ nhân và bắt giam (Long Xưởng thông dâm với cung phi của vua, vua không nỡ bắt tội chết). Vì thế những người thân tín của Long Xưởng đều bị loại trừ. Trần Thủ Huy và công chúa Đoan Nghi bị đẩy đi sứ nước Kim, nước Liêu (thực ra thời điểm 1174 thì nước Liêu đã bị Kim tiêu diệt) không có ngày về. Trần Thủ Độ lớn lên được gửi về nước ở với bác là Trần Lý, sau đó cùng bác Trần Lý khởi nghiệp nhà Trần.
Đồng thời phân tích đánh giá: Điều này thấy là rất hợp lý bởi Trần Thủ Độ thường nói: “Ta không biết chữ nghĩa gì” có nghĩa là ở với cha mẹ tại nước Kim thì không có điều kiện học hành như ở trong nước, mà chỉ được cha mẹ dạy dỗ ở nước ngoài mà thôi. Lớn lên, Trần Thủ Độ được gửi theo đoàn liên lạc ngoại giao về nước ở với bác là Trần Lý rồi tham gia khởi nghiệp nhà Trần. Khi phải đi sứ như vậy thì Trần Thủ Huy và công chúa Đoan Nghi gửi con trai Trần Thẩm ở lại nhờ bác Lý nuôi dạy.
Và cũng theo đó, tuy không được học hành đầy đủ nhưng Trần Thủ Độ vì được sống và trưởng thành ở nước Kim nên hiểu rất rõ quân Nguyên Mông, biết chỗ mạnh, chỗ yếu của chúng, và tìm ra được cách đánh thắng chúng cho nên khi chúng kéo quân sang đánh nước ta thì nhiều kẻ lo sợ muốn đầu hàng, nhưng Trần Thủ Độ lại mạnh mẽ trả lời trước Hoàng đế Trần Thái Tông: “Đầu tôi chưa rơi xuống đất, xin bệ hạ đừng lo”.
Tài liệu của TS. Trần Hoàng Bách trên trang của Liên hiệp các hội khoa học và kỹ thuật Thái Bình cũng có chi tiết tương đồng khi dẫn chi tiết hơn: Theo gia phả của con cháu Trần Ích Tắc tại Trung Quốc, thì Trần Thủ Huy là một tướng giỏi đời vua Lý Anh Tông, nên được nhà vua giả công chúa Lý Đoan Nghi làm vợ. Công chúa Lý Đoan Nghi là con của vua Lý Anh Tông với bà thần phi Bùi Chiêu Dương, nên Trần Thủ Độ là cháu ngoại vua Lý Anh Tông, là con của Phò mã Trần Thủ Huy và Công chúa Đoan Nghi (con vua Lý Anh Tông).
Đáng tiếc là chúng ta không có nhiều sử liệu hơn để củng cố thông tin về việc Trần Thủ Độ chính là cháu ngoại của vua Lý Anh Tông. Đây là một giả thuyết được hậu duệ họ Trần ngày nay khá tin tưởng.
Nếu có thêm sử liệu để chứng minh thực sự Trần Thủ Độ là cháu ngoại của vua Lý Anh Tông thì chúng ta sẽ lại phải hoài nghi chi tiết được ghi trong chính sử là Trần Thủ Độ giết hết tôn thất nhà Lý. Nếu Trần Thủ Độ là cháu ngoại của Lý Anh Tông thì đâu có thể tuyệt tình với họ mẹ như vậy.
Đại Việt Sử ký toàn thư chép là: (Năm1232)… Trần Thủ Độ giết hết tôn thất nhà Lý. Khi ấy Thủ Độ chuyên chính lâu ngày, đã giết Huệ Tông, tôn thất nhà Lý đều bùi ngùi thất vọng. Mùa đông năm ấy, nhân người họ Lý làm lễ tế các vua Lý ở Thái Đường, Hoa Lâm, Thủ Độ ngầm đào hố sâu, làm nhà lên trên, đợi khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống hết”.
Tuy nhiên, không phải cái gì sử chép là chúng ta có thể tin ngay mà cần thử suy nghĩ theo hướng khác, hợp lý và nhân văn hơn. Đó phần chúng ta sẽ tìm hiểu tiếp ở các bài sau.
Các tổ tông đời trước Trần Thái Tông
Trần Tự An sinh ra Trần Tự Mai
Trần Tự Mai sinh ra Trần Tự Kinh (sau được truy tôn là Mục Tổ hoàng đế)
Trần Tự Kinh sinh Trần Hấp (sau được truy tôn là NinhTổ hoàng đế)
Trần Hấp sinh ra Trần Lý (sau được truy tôn là Nguyên Tổ hoàng đế)
Trần Lý sinh ra Thái Tổ Trần Thừa
"Họ Trần dòng thống tôn có chữ đệm là “Tự” cư ngụ ở Kinh Bắc, truyền đến đời Trần Tự An (1010 - 1077) mỗi ngày thêm hiển hách trong giới võ lâm của Đại Việt. Để phân biệt với các võ phái khác, Tự An đặt tên cho võ phái của mình là Đông A, triết tự chữ “Trần” ra hai chữ “Đông” và “A” mà thành. Thời ấy ở Đại Việt ta có ba võ phái nổi danh: võ phái Lĩnh Nam xuất phát từ đất Mê Linh sau lưu truyền quanh vùng Tam Đảo - Ba Vì; võ phái Hoa Sơn xuất phát ở Kinh Bắc rồi lan truyền ra Thăng Long và các vùng phụ cận và võ phái Đông A của Tự An. Ba võ phái trên đều tràn đầy lòng tự tôn dân tộc, nhưng có sự khác nhau về hệ tư tưởng, lại muốn thống trị giới võ lâm cả nước nên mâu thuẫn khá gay gắt. Phái Lĩnh Nam sùng bái đạo Lão. Hai phái Hoa Sơn và Đông A cùng xuất phát ở Kinh Bắc, nhưng Hoa Sơn theo Phật giáo Nghiêm Hoa tông, còn Đông A theo Phật giáo Thiền tông. Phái Hoa Sơn thuộc hoàng tộc họ Lý nên đương nhiên lấn át phái Lĩnh Nam và Đông A về nhiều phương diện. Thế nhưng Đông A với sự dìu dắt của Trần Tự An hồi ấy có “Côi Sơn tam anh” là ba nhân vật võ công lừng lẫy: Thanh Mai, Tự Mai và Thông Mai.
Trước khi qua đời, Tự An khuyên con trai Tự Mai nên tìm cách chuyển võ đường Đông A đi nơi khác, tránh sự xung đột với phái Hoa Sơn, có hại cho sự nghiệp chung của võ lâm Đại Việt. Lúc đầu Tự Mai chuyển đến ở Đông Triều - Chí Linh, sau đến đời con (khoảng cuối thế kỷ XI) là Trần Tự Kinh chuyển đến dừng chân ở Tức Mạc với hai người con trai rất giỏi võ là Trần Tự Hấp và Trần Tự Duy. Về cuối đời, ông nghe theo lời của con trưởng Tự Hấp chuyển hẳn về đất Thái Đường, định cư lâu dài, có nhiều ân đức với dân trong vùng. Đến đời Tự Hấp kế tục làm trưởng môn phái võ Đông A, thanh thế họ Trần đã rất lớn".