Trong thời gian từ tháng 1/2021 đến tháng 1/2022, Ngô Quang Tuấn, chuyên viên Vụ Hợp tác quốc tế, Bộ Giao thông vận tải (GTVT), được lãnh đạo Vụ Hợp tác quốc tế giao nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất, dự thảo và trình lãnh đạo Vụ Hợp tác quốc tế duyệt để trình lãnh đạo Bộ GTVT ký văn bản trả lời Bộ Ngoại giao và cho ý kiến về việc thực hiện các chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước trong đại dịch COVDID-19.
Các bị can lợi dụng chức vụ, quyền hạn nhận hối lộ tiền tỉ trong việc thực hiện các chuyến bay "combo"Do biết được vai trò của Ngô Quang Tuấn trong quá trình làm thủ tục xét duyệt, cấp phép các chuyến bay "combo", bị can Nguyễn Thị Tường Vy và bị can Phan Thị Mai đã liên hệ với Tuấn để tìm hiểu thông tin và đặt vấn đề để Tuấn giúp sớm có công văn của Bộ GTVT trả lời Bộ Ngoại giao đồng ý xét duyệt, cấp phép các chuyến bay "combo" cho Công ty của Vy; Công ty Masterlife của Trần Thị Mai Xa; Công ty Lữ Hành Việt của Nguyễn Tiến Mạnh và Công ty Sao Hà Nội của Phan Thị Mai. Từ tháng 9/2021 đến tháng 12/2021, Ngô Quang Tuấn đã nhận hối lộ 1,5 tỉ đồng và 10.000 USD của các doanh nghiệp thông qua 3 cá nhân.
Ngoài các lần nhận tiền của các doanh nghiệp nêu trên, tháng 11/2021, bị can Ngô Quang Tuấn còn nhận 10.000 USD (tương đương 231 triệu đồng) của bị can Võ Thị Hồng, Giám đốc Công ty Minh Ngọc qua bị can Lê Tuấn Anh tại trụ sở Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao.
Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan ANĐT Bộ Công an xác định, bị can Ngô Quang Tuấn đã nhận hối lộ 1,731 tỉ đồng.
Quá trình đấu tranh, Cơ quan ANĐT Bộ Công an còn làm rõ sai phạm của bị can Vũ Hồng Quang, nguyên Phó Trưởng phòng vận tải Hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ GTVT. Quang có nhiệm vụ tiếp nhận, xem xét, ra quyết định cấp phép bay cho các Hãng hàng không thực hiện các chuyến bay "combo" do doanh nghiệp tổ chức sau khi có sự phê duyệt của VPCP và Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ. Trong quá trình các doanh nghiệp triển khai thực hiện chuyến bay "combo" đưa công dân về nước, có một số chuyến bay doanh nghiệp không thuê được tàu bay to để chở hết số lượng khách được duyệt nên phải thuê hai tàu bay nhỏ dẫn đến phát sinh chi phí, trong khi vẫn còn ghế trống khách. Để tránh lãng phí và có thêm lợi nhuận, một số doanh nghiệp đã trao đổi, thỏa thuận và được Vũ Hồng Quang đồng ý cấp phép bay theo số lượng khách vượt so với thực tế đã được duyệt.
Với thỏa thuận này, Vũ Hồng Quang đã cấp phép bay vượt quá số lượng khách và chỉ đạo Nguyễn Mạnh Trường triển khai cấp phép bay trái quy định theo yêu cầu của 2 doanh nghiệp, nhận hối lộ 1,974 tỉ đồng.