Ông là anh họ của Hạ Hầu Uyên và cũng là một trong những tướng trung thành với Tào Tháo, góp công trong những trận đánh với Lưu Bị, Tôn Quyền, Lã Bố.
Hạ Hầu Đôn là người Tiêu Quận, nước Bái, là đồng hương và là bạn chí cốt của Tào Tháo. Ông là một người tính tình chính trực nhưng nóng nảy, tử tế và trung thành với bạn bè và gia đình, không khoan nhượng đối với kẻ thù. Ông được coi là hữu tướng quân của Tào Thào, được phép đi chung xe ngựa là một vinh dự mà ngay cả cận vệ của Tào Tháo là Điển Vi và Hứa Chử cũng không có. Tuy vậy, trên chiến trường sự nóng nảy của ông thường dẫn đến thất bại. Tuy có sức mạnh hơn người nhưng Hạ Hầu Đôn có rất ít trận thắng, chủ yếu do nôn nóng rơi vào bẫy của kẻ địch.
Năm 190, Tào Tháo tập hợp lực lượng đánh Đổng Trác, Hạ Hầu Đôn cùng em họ là Hạ Hầu Uyên dẫn 1000 quân đến giúp Tào Tháo. Sau đó, liên quân đánh Đổng Trác tan rã, Hạ Hầu Đôn và Hạ Hầu Uyên giúp Tào Tháo tăng cường lực lượng và mở rộng lãnh thổ.
Hạ Hầu Đôn có sức mạnh hơn người nhưng do nôn nóng hay rơi vào bẫy của kẻ địch.
Về câu chuyện của Hạ Hầu Đôn, Tam quốc diễn nghĩa của La Quán Trung viết rằng, trong trận chiến Hạ Bì diễn ra năm Mậu Dần (198), Hạ Hầu Đôn bị tướng của đối phương là Tào Tính - bộ tướng của Lã Bố phục kích dùng cung bắn trúng vào mắt trái.
Tuy bị thương nhưng Hạ Hầu Đôn cắn răng chịu đau và không vì thế mà làm mất đi dũng khí, ông cất tiếng nói lớn: "Tinh cha huyết mẹ, làm sao có thể bỏ đi được?", nói xong không ngần ngại lấy tay rút mũi tên, kéo luôn cả con ngươi mắt ra rồi đưa vào miệng mình mà nuốt.
Tào Tính vì quá bất ngờ và kinh hãi trước sự việc như vậy, chưa kịp định thần thì bị Hạ Hầu Đôn thúc ngựa xông đến đâm chết. Đâm Tào Tính xong thì Hạ Hầu Đôn cũng ngã ngựa bất tỉnh. Sau trận chiến này ông mất đi một con mắt nên vì thế mới có biệt danh là "Manh Hạ Hầu" (Hạ Hầu mù).
Người đời nghe chuyện Hạ Hầu Đôn nuốt con ngươi làm khiếp sợ quân thù nên đã tôn ông là một dũng tướng phi thường.
Tuy nhiên, theo sử liệu, năm 197, Viên Thuật xưng đế ở Thọ Xuân, ra sức kết thân với Lã Bố để cô lập tiến đến diệt Lưu Bị. Năm 198, sự phát triển thế lực của anh em Lưu Bị ở Tiểu Bái khiến Lã Bố lo ngại, liền mang quân tới đánh. Anh em Lưu Bị thua chạy đến Khai Phong, trong tình thế bức bách buộc phải cầu cứu Tào Tháo. Tào Tháo bèn sai Hạ Hầu Đôn mang quân tới cứu Lưu Bị. Quân Tào và quân Lã Bố đụng độ ở Từ châu. Lã Bố cầm quân ra đối địch đánh bại Hạ Hầu Đôn và bắn tên trúng vào mắt Đôn.
Nghe tin Hạ Hầu Đôn bại trận bị chột mắt, tháng 10 năm 198, Tào Tháo khởi đại quân đi đánh Từ châu. Quân Lã Bố liên tiếp bại trận, cuối cùng bị Tào Tháo bắt. Lã Bố muốn xin Tào Tháo cho mình đầu hàng, lại nhờ Lưu Bị nói giúp. Nhưng Lưu Bị khuyên Tào Tháo nên giết Lã Bố vì Lã Bố là người hay trở mặt. Tào Tháo nghe theo ông, bèn sai chặt đầu Lã Bố.