Theo lời kể của Lão Ngoan Đồng Chu Bá Thông, người viết nên Cửu âm chân kinh là Hoàng Thường mà nguyên nhân sâu xa là từ những thù oán của Hoàng Thường với giới võ lâm.

Hoàng Thường vốn là một quan văn trong triều dưới thời đại vua Huy Tông triều Tống, theo lệnh của hoàng đế thu thập hết sách của Đạo gia 5481 quyển viết thành bộ sách Vạn thọ Đạo tàng (theo lời Chu Bá Thông, việc này diễn ra vào năm Chính Hòa thứ năm, vua Huy Tông). Nhờ trí thông minh và kiên trì, Hoàng Thường đã học được toàn bộ các bí kíp võ học Đạo gia và trở thành một cao thủ võ lâm. Sau đó, theo lệnh của Huy Tông hoàng đế, Hoàng Thường dẫn quân đến tiêu diệt Minh Giáo, do lính triều đình quá kém cỏi nên quân của Hoàng Thường bị đại bại, nhưng ông cũng giết được một vài cao thủ và sứ giả của Minh Giáo. Sau đó Hoàng Thường bị người thân của các cao thủ mà ông đã giết cùng lúc kéo đến hỏi tội, Hoàng Thường giết được vài người, nhưng do kẻ thù quá đông ông không chống nổi, kết quả là cả nhà Hoàng Thường bị sát hại, chỉ một mình Hoàng Thường thoát nạn chạy lên núi ẩn náu quyết rèn luyện võ công cao cường để trả thù.

Sau một thời gian dài tu luyện và ngộ được đạo lý võ học, Hoàng Thường xuống núi với ý định trả thù nhưng ông nhận ra tất cả các đối thủ đều đã chết hết, thậm chí con cái đối thủ cũng đã già nua, Hoàng Thường hết ý định trả thù, nhưng tiếc những kiến thức võ học Đạo gia mà mình học được nên viết thành bộ Cửu âm chân kinh gồm 2 quyển là quyển thượng và quyển hạ.

Cửu âm bạch cốt trảo nguyên có tên là Cửu âm thần trảo, khi Chu Bá Thông truyền thụ cho Quách Tĩnh, chính là Cửu âm thần trảo đã giải thích, khi luyện Cửu âm thần trảo thì chỉ dùng tay đánh vào vách đá để luyên tập, nhưng do Mai Siêu Phong cùng sư huynh Trần Huyền Phong ăn cắp được nửa quyển hạ Cửu âm chân kinh, sau đó tập luyện theo mà không hiểu yếu chỉ đạo gia trong khẩu quyết võ công nên khi luyện dùng tay đánh vào sọ người sống, khi luyện tập thường chất rất nhiều sọ người xung quanh nơi mình tập, từ đó được giới giang hồ gọi là Cửu âm bạch cốt trảo.

Quyển hạ Cửu âm chân kinh viết: "Năm ngón phát kình, không gì cứng không phá được, chụp vào đầu óc như xuyên vào đậu hũ".

Câu "chụp vào đầu óc" ý là tấn công vào chỗ yếu hại của địch nhân, Mai Siêu Phong lại tưởng là phải chụp vào đầu người thật nên lúc luyện công cũng theo đó mà làm.

Như vậy, ban đầu tôn chỉ của bộ Cửu âm chân kinh vốn là đường lối học theo tự nhiên của Ðạo gia, xua quỷ trừ tà để trường sinh dưỡng mệnh, tuy nhiên chỉ một ý hiểu lầm đã biến thành Cửu âm bạch cốt trảo rất hung ác, tàn nhẫn.

Cũng chính sự nhầm lẫn này khiến Cửu âm bạch cốt trảo trở thành một trong những món công phu được xếp vào loại “dị” bậc nhất trong các tác phẩm kiếm hiệp của Kim Dung.

Tuy nhiên, để bố cục truyện có logic hơn, trong bản sửa đổi gần nhất Anh hùng xạ điêu, nhà văn Kim Dung, có nhắc đến Cửu âm bạch cốt trảo, Tồi tâm chưởng, Bách xà tiên (trong bản cũ là Ðộc long tiên) không phải do Hoàng Thường nghĩ ra mà đó là của những kẻ thủ của ông ta. Ông ta nghiên cứu võ công của kẻ thù và viết ra sách, kèm theo là những cách để chống lại các tuyệt kỹ tàn bạo đó. Trần Huyền Phong và Mai Siêu Phong chỉ luyện những môn võ của kẻ thù của Hoàng Thường vì chúng không đòi hỏi nội công thượng thừa của đạo gia.

Nổi danh nhất với võ công này là Hắc Phong Song Sát (Đồng Thi Trần Huyền Phong và Thiết Thi Mai Siêu Phong, 2 trong 6 đệ tử ban đầu của Đông Tà Hoàng Dược Sư). Ngoài Hắc Phong Song Sát ra chỉ có Dương Khang (đã bái Mai Siêu Phong làm sư phụ), Chu Chỉ Nhược phái Nga Mi và truyền nhân Thần điêu hiệp lữ (cô gái áo vàng trong Ỷ thiên đồ long ký) là có sử dụng võ công này.