Khối u nằm vị trí não thất III, vị trí sâu với nhiều cấu trúc thần kinh quan trọng xung quanh, là một trong những vị trí can thiệp rất khó trong mổ sọ não.
Dị tật cổ chẩm rất dễ nhầm lẫn với thoát vị đĩa đệm cột sống cổ, người bệnh thường đau đầu, đau cột sống cổ, yếu liệt 2 tay, có nguy cơ mất khả năng vận động.