Các đối tượng gồm: Nguyễn Tiến Lộc (52 tuổi, công chức kiểm hóa Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực IV TPHCM) về tội “Nhận hối lộ”; Lê Hà (56 tuổi, công chức Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực IV TPHCM), Nguyễn Thanh Lâm (45 tuổi, cán bộ đăng ký tờ khai - Công chức Hải quan cửa khẩu Tịnh Biên, tỉnh An Giang) cùng về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Ngoài ra, Huỳnh Dũng Tấn (52 tuổi, nguyên Cửa hàng trưởng cửa hàng số 36 - nay là chi nhánh Bình Đông - của Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn, cũng bị khởi tố, bắt tạm giam về hai tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, “Đưa hối lộ”.
Theo kết quả điều tra, các bị can này câu kết với tội phạm nước ngoài thực hiện hành vi buôn lậu nhằm chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGT của nhà nước, bằng cách thành lập các
công ty tại nước ngoài, ký kết các hợp đồng kinh tế giả tạo, xuất khẩu hàng hóa có giá trị thấp nhằm tạo dựng bộ hồ sơ xuất khẩu hoàn chỉnh để hoàn thuế GTGT.
Trên thực tế, hàng hóa trong các container xuất khẩu là trấu và mì ký nhưng trong tờ khai do Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn mở ghi tên hàng xuất khẩu là thuốc lá điếu hiệu Craven “A” để được hoàn thuế GTGT. Từ tháng 2/2011 đến tháng 11/2012, Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn đã lập và ký khống 69 hợp đồng mua hàng trong nước với giá trị hàng hóa hơn 892 tỷ đồng, có số tiền thuế GTGT tương ứng hơn 81 tỷ đồng để xuất khẩu.
Trong cùng thời gian này, Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn lập và ký khống 17 hợp đồng ngoại thương xuất khẩu hàng cho hai công ty tại Campuchia với tổng trị giá hàng hóa gần 716,5 tỷ đồng có thuế suất bằng 0, để tạo dựng 5 bộ hồ sơ xin hoàn thuế với số tiền đã được Cục thuế TPHCM giải quyết hoàn gần 92,6 tỷ đồng. Hành vi lừa đảo này được thực hiện trót lọt là do có sự tiếp tay của bị can Nguyễn Tiến Lộc, đổi lại Lộc nhận “tiền bồi dưỡng” 514 triệu đồng.
Tương tự, bị can Lê Hà và bị can Nguyễn Thanh Lâm cố ý giải quyết hồ sơ xuất khẩu của Công ty CP TPCN Sài Gòn không đúng quy định. Ngoài hành vi chỉ đạo nhân viên thuộc quyền lập hợp đồng mua bán thuốc lá giả tạo, bị can Huỳnh Dũng Tấn còn tham gia đưa hối lộ 200 triệu cho bị Can Nguyễn Thanh Lâm để hợp thức hóa sai phạm.
Trước đó, vào tháng 1/2014 và tháng 3/2014, liên quan một vụ án buôn lậu gạo để chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGT với thủ đoạn tương tự xảy ra tại Công ty CP TPCN Sài Gòn, 9 bị can đã bị bắt tạm giam, trong đó có bị can Lê Dũng - Giám đốc Công ty CP TPCN Sài Gòn.